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孙继宗是明宣宗的第二任皇后、孝恭章皇后孙氏的兄长，其父孙忠因此得封会昌伯。
宣德元年（1426年）十二月，孙继宗被授为府军前卫指挥使，“带俸不管事”。至景泰（1450年－1457年）初年，升任都指挥佥事。
景泰三年（1452年）十二月，孙继宗承袭父亲的爵位会昌伯，岁禄八百石。
景泰八年（1457年）正月，孙继宗参与太监曹吉祥、大将石亨等人发动的夺门之变，使得被囚禁于南宫的明英宗成功复位。英宗复辟后，改元天顺，进封孙继宗为会昌侯，增岁禄至一千二百石；随后加勋号、散官为奉天翊卫推诚宣力武臣、特进光禄大夫、柱国，自身可免二死、子免一死，赐世袭侯爵的诰券；孙继宗的几个弟弟担任都指挥佥事的，也都改至锦衣卫供职。
二月，孙继宗疏奏：“正月十七日清晨，臣随总兵官、忠国公石亨、太平侯张軏、文安伯张輗及弟弟孙显宗率子侄、甥婿、义男、家人、军伴等四十三人，各自藏有兵器，夺取东上门，直抵宫门，恭请皇上重登大宝。请求将跟随臣的官军人等依照跟随石亨的人员，一同升授官职。”英宗在同年底进升孙显宗为都指挥同知，并授予孙继宗之子孙琏为锦衣卫指挥使，他的女婿、指挥使武忠进官都指挥佥事，孙氏家奴被授官者多达十七人。
自景泰年间以前，没有外戚执掌兵权的先例。英宗复辟后，眼见石亨、张軏等人以京营军队完成夺门之变，所以打破成规，于四月命孙继宗提督五军营军务，兼掌后军都督府事，以此稳握兵权。
此年九月，孙继宗又被增加岁禄三百石。
一次，英宗的侍臣中有人为孙继宗的弟弟孙绍宗求官。英宗颇为不满，召来阁臣李贤说：“孙氏一门，长子封侯，次者都位居显官，子孙二十余人也被授官，这已经足够了。如今又有人以抚慰太后之心为名，为孙绍宗求官。这些人不知道当初加封孙氏子弟时，朕多次向太后请示，才获准许，太后因此连日不高兴，说：‘这些人对国家有什么功劳，滥授这些官爵。物盛必衰，一旦获罪，我也包庇不了。’太后的意思很清楚了。”李贤称赞太后盛德，并从容地讲述自明代开国以来外戚不掌军务的成规。英宗听后，解释道：“从前内臣说京营军非皇舅掌管不可，为此太后至今还在后悔。”李贤说：“所幸会昌侯（指孙继宗）为人还算淳厚、谨慎，不过以后不得援此事作为成例。”英宗称善。
天顺三年（1459年），锦衣卫指挥佥事逯杲奏陈孙继宗、孙绍宗及英国公张懋、太平侯张瑾都侵占了官地，建立私庄。英宗命他们各自具实奏报，孙继宗等服罪，这才被宽赦，英宗只将管庄的人一律逮捕问罪，将土地还于官府而已。
此前，石亨因事获罪，因“夺门”功受赏者稍稍被裁革，孙继宗因此替孙显宗、武忠及自己的子孙、家人、军伴辞去官职。英宗只多去他的家人、军伴等九人（一作七人）的职务，其余一概不问。
天顺五年（1461年）七月，昭武伯曹钦之乱平定，孙继宗进官太保。次年二月，他因病奏请解除兵权，并辞去太保之官。英宗不允，并命御医前往诊视。
天顺八年（1464年），明宪宗即位，命孙继宗提督十二团营兼督五军营，并知经筵事，负责监修《英宗实录》。朝廷每有大事商议，一定以孙继宗为首。
宪宗重新核实夺门之功，他人爵位多有废黜，唯有孙继宗仍得侯爵。之后，孙继宗请求辞官修养，宪宗不许。
成化三年（1467年）八月，《英宗实录》修成，身为监修官的孙继宗被加授为太傅。
成化十年（1474年），兵科给事中章镒上疏认为：“孙继宗久掌兵权，尸位固宠，急应将其罢退，以保全有始有终的名声。”孙继宗闻讯，遂上疏恳求辞官，宪宗这才优诏解除他京营掌军之职，依旧掌后军都督府事并知经筵，参预朝政。孙继宗之后再辞余下官职，宪宗仍是不准，只免其“奏事承旨”之职而已。
成化十五年十一月二十八日（1480年1月9日），孙继宗逝世，享年八十五岁。死后获追封为郯国公，谥号“荣襄”。
孙继宗在明英宗、宪宗时期，督五军营戎务，兼掌后军都督府事，一度兼督十二团营，为明代少数以外戚得掌兵权者。又主持经筵事，并监修《明英宗实录》，长年位居朝臣之首。
朱祁镇：①会昌伯孙继宗戚里至亲，事朕有年，多效忠勤。（《大明英宗睿皇帝实录》引）②卿历练老成，朕所倚任。（《大明英宗睿皇帝实录》引）
郭登：又会昌伯孙继宗忠厚醇实，沉静有为……。（《奏八事疏》）
刘吉：继宗为人谨愿，无他异能。国朝外戚不预政事，继宗始总兵柄。晚年耽权固位，颇为言者所论，而上眷礼不衰，卒保富贵令终。（《大明宪宗纯皇帝实录》）
张廷玉：诒谋既远，宗社奠安，而椒房贵戚亦藉以保福庆逮子孙，所全不已多乎。惟英宗时，会昌侯孙继宗以夺门功，参议国是。（《明史》引）
表格参考资料：
孙继宗的父亲孙忠在明宣宗时以后父（外戚）身份获封会昌伯，死后由身为长子的孙继宗袭爵。孙继宗在明英宗复辟后进封会昌侯，子孙仍获准世袭，直明世宗时“以革外戚”除封。自孙忠起，会昌伯世系共历二世二代；自孙继宗起，会昌侯世系共历三世三代。
第一代：孙忠，宣德四年（1429年）封会昌伯，予世券。景泰三年（1452年）去世，追封会昌侯，谥号“康靖”。天顺元年（1457年）改赠安国公，改谥“恭宪”。
第二代：孙继宗，孙忠之子，景泰三年（1452年）袭爵。余见下文。
第一代：孙继宗，天顺元年（1457年）自会昌伯进封会昌侯，仍予世券。成化十五年（1479年）去世，追封郯国公，谥号“荣襄”。
第二代：孙铭，孙继宗之孙，成化十六年（1480年）袭爵。正德十五年（1520年）去世。
第三代：孙杲，孙铭之子，正德十六年（1521年）袭爵。嘉靖十六年（1537年）去世，谥号“荣僖”。
会昌伯、会昌侯世系参考资料：
《大明宪宗纯皇帝实录·卷一百九十七》
《明史·卷一百八·表第九》
《明史·卷三百·列传第一百八十八》