2009年1月，任西南政法大学研究生部主任、法律硕士学院院长。同年8月，任西南政法大学党委常委、副校长。

2014年2月，入选重庆市首批哲学社会科学领军人才特殊支持计划。同年3月，获评重庆市首批专家工作室领衔专家。

2016年3月，获评全国文化名家暨“四个一批”人才。同年6月，入选第二批国家“万人计划” 哲学社会科学领军人才。

2023年3月，任上海交通大学凯原法学院讲席教授。

现任中国刑事诉讼法学研究会副会长、最高人民检察院专家咨询委员、上海交通大学校务委员会副主任。

孙长永教授在全国率先采用比较研究和实证研究相结合的方法对沉默权制度和侦查程序进行了深入研究，提出了根据侦查需要与人权保障保持平衡的原则完善侦查程序、保障在押犯罪嫌疑人与其辩护律师之间会见交流权的观点；提出通过正当程序控制死刑的建议，主张中国刑事司法应当从“专政型司法”转向“公正型司法”、从有罪推定转向无罪推定、从重刑主义转向宽严相济、从“重实体轻程序”转向“程序先于实体”、从国内标准转向国际标准、从侦查本位主义转向审判中心主义；对未决羁押及其法律控制、庭审方式改革、答辩交易等一系列重大实践问题进行了系统的比较研究，呼吁严格落实检察机关的证明责任和一事不再审原则，按照程序公正的要求完善庭审调查程序和上诉审程序，通过司法解释、指导性案例和地方规则不断完善刑事证据法规范体系。

据2024年4月西南政法大学官网数据，孙长永在《中国法学》《法学研究》和德国《刑法国际教义学》等中外文期刊公开发表学术论文100余篇。

据2024年4月西南政法大学官网数据，孙长永主持完成国家级和省部级科研项目11项。

孙长永讲授《刑事诉讼法》等课程。

孙长永教授是中国刑事诉讼法学界的著名学者，在长期的治学生涯中，他始终秉持学者应有的批判精神，敢于坦率地指出现行制度和实践中存在的问题，奠定了他研究中国刑事诉讼法制史时的反思性基调。（《法治日报》评）

孙长永教授理论功底深厚，实践经验丰富。（广东省人民检察院评）