1938年，孟昭英转到昆明西南联大。

1938—1943年，孟昭英在昆明清华无线电研究所任教授，同时兼西南联合大学物理系名誉教授。

1943—1946年，孟昭英第二次赴美。

1944年，孟昭英转到麻省理工学院“辐射馆”工作。

1947年初，孟昭英决定回中国。回中国后，任清华大学物理系教授，后兼任代理系主任。

1952年，高等院校院系调整，北京大学电机系的电信组合并在清华大学，成立了新的无线电系。孟昭英任系主任。

1953年，孟昭英任电真空教研组主任。

1955年，选聘为中国科学院院士（学部委员）。

1957年，中国共产党内开展整风运动时，孟昭英对工作提了些意见，被划为右派分子，从一级教授降为三级教授，撤销系主任职务及学部委员称号，被监督劳动。

1962年，中国共产党宣布摘掉孟昭英的右派帽子。

在“文化大革命”期间，孟昭英全家受迫害。

1977年，孟昭英被中国共产党勒令退休。

1979年2月，中国共产党对孟昭英宣布了改正错划右派的决定，并恢复一级教授职称及学部委员称号，他重新恢复工作。

1995年2月25日，孟昭英在北京逝世，享年89岁。

孟昭英开拓了电磁波谱，研制出了当时振荡波长最短的微波电子管；进行了三极管射频放大器线性调幅的研究；运用新型方式成功地精确量测了微波波导中的阻抗。另外，孟昭英还不断进行微波波谱学、阴极电子学、激光单原子探测技术等方面的研究。

孟昭英还进行了其它课题的研究。例如，他针对工作于脉冲状态的大功率微波管要在极短的脉冲持续时间内给出很大电流密度的情况下，如何测定该电流密度随时间而变的特性，以及在脉冲间歇时段的恢复特性的问题，他带领数名研究生在多方面的定量分析研究的基础上，发展了双脉冲测量方法。

孟昭英是单原子探测技术的博士生导师，招有博士生多名，其中学生马万云在孟昭英指导下研制成功中国第一台自制溅射原子化共振电离飞行时间质谱仪，为中国超高灵敏度分析和微区分析填补了空白。

1948年，北京解放后，他将美国麻省理工学院辐射实验室的成就及雷达的最新发展介绍到中国国内，在清华大学开设了无线电学、电波学等课程，引用美国《雷达丛书》初稿的内容作为教材。同时利用他从美国带回的无线电器材建立电子学实验室，先后为学生开设十几个无线电、电子学实验；清华大学建立了无线电学实验室。

1928年，获得斐陶斐（ΦTΦ）荣誉学会金钥匙奖。

1936年，获得“真空电子学专家”的称号。

1955年，当选中国科学院学部委员（院士）。

孟昭英曾任清华大学清华学报编委会委员、清华大学第二届学术委员会委员、北京市政协委员、中国大百科全书总编委会委员、中国大百科全书《电子卷》编委、中国电子学会理事、中国真空学会名誉理事、中国电源学会名誉理事长、西北电讯工程学院名誉教授、科技导报主编、电子工业出版社学术委员会委员、科学出版社《电子学基础知识》丛书副主编、《无线电爱好者丛书》编委会委员、中国电子学会科普工作委员会副主任、中国电子报顾问、《电子学报》编委员顾问、Apple微机协会北京分会名誉会长、《电子与电脑》编辑部编委、光纤通信技术开发中心高级顾问、海华新技术开发中心技术顾问、兴华经济开发公司高级技术顾问、燕京大学校友会名誉理事、重庆环球轮船公司技术顾问、中国电子科技大学兼职教授（成都）、北京理工大学兼职教授、北京26中学（前汇文中学）校友会名誉理事长、北京市高教局确定与提升教授和副教授评审工作物理科主任。

孟昭英不仅是一位科学家，也是一位教育家。他执教半个多世纪，是中国电子学教育的开创人之一。他把科研与教学结合起来，把理论与实验结合起来，把教书与育人结合起来，不计较个人名利，甘当人梯，为祖国培养了一大批高水平的电子学人才和物理学人才。（九三学社评）

孟昭英秉性刚直、崇尚讲真话。（《盛世中华脊梁风采 科学家风采》评）