孢丝粗细不均，有些地方如有较宽阔的管腔，则原生质中的石灰质粒便多集聚在此管腔内而形成石灰节。此外，为了区别从孢子囊外皮与其连接所产生的孢丝样结构，称后者为假孢丝。这些在种、属上均各有其固有的形态，与孢子同为粘菌纲分类上的重要特征[例如半网菌属（Hemitrichia）的孢丝为螺旋纹，团网菌属（Arcyria）为凸状纹等]。担子菌纲腹菌类子实体的主体中的毛状结构一般虽也称为“孢丝”，但仅是一种菌丝形态，与粘菌纲的孢丝是完全不同的。