1926年初，宁培瑛回南宁在国民党广西省党部农民部担任干事。同年3月，他到位于南宁马皇庙刘氏宗祠的广西农民运动讲习所兼任讲师，讲授“政治经济学”、“农民问题”两门课程，并联系实际，宣传韦拔群领导东兰农民运动的成功经验。在宁培瑛的宣传教育下，很多学员认识到，国民党右派建立的官办“农会”并不真正代表广大农民的利益，农民们要捍卫自己的权益，改变被压迫被剥削的地位，就必须建立农民自己的农民协会。宁培瑛除了讲课外，还亲自到市郊领导开展农民运动，鲜明提出了“打倒土豪劣绅”、“打倒贪官污吏”的口号，在苏圩、亭子、津头、虎丘一带建立了多个农会，并组织了农民自卫军。

9月5日，南宁市中山体育场锣鼓喧天，邕宁县农会成立大会隆重举行。在会上，宁培瑛号召农民团结起来，在农会领导下打倒地主阶级，消灭封建剥削，实行耕者有其田的政策。由于宁培瑛的推动，南宁、邕宁的农民运动如火如荼地开展起来。

为了限制农民运动的深入发展，10月，吴圩大地主黄怡秀勾结国民党右派县长谢祖莘，扣押了吴圩农会执委唐天光等人。邕宁县几千农民闻讯后涌入南宁市区示威游行，一路高喊“打倒黄怡秀”、“一切权利归农民”的口号，包围了邕宁县政府。与此同时，宁培瑛立即组织南宁市工、商、学、妇各界两万多人声援，并向国民党广西党部请愿。在群众的强大压力下，邕宁县署被迫释放了唐天光等人。

1927年蒋介石发动四一二反革命政变后，新桂系军阀追随蒋介石“清共”，宁培瑛被迫转移到北流、容县、平南，岑溪一带活动，整顿农会，训练农运骨干，建立中共党组织，他在北流农民运动讲习所讲授“剩余价值”课程，并吸收郑晴山、蒋苹山、庞碧琴为中共党员，成立了北流第一个中共支部。在容县，他与林培斌、何仲泽、谢惠阶等人策划以容县农讲所学员为主，于5月1日发动武装起义。但由于林培斌被捕，起义计划流产。

5月，中共广西地委在梧州成立，宁培瑛被委任为委员，负责领导平南，容县、桂平的工作。8月底，宁培瑛来到了平南县劳五区（今新隆村）。在这里，他先后发展了李修其，高鹏鹍、李立名等人入党，建立起了有29名党员的中共劳五区委员会，并任组织委员。同时，宁培瑛还准备发动农民起义，把区农民协会改为新隆苏维埃政府并成立红军。为此，中共广西地委在大安镇开办一个腊味铺和一个印刷所，为起义筹措经费。

12月11日，广州起义爆发后，中共广东省委指示广西党组织发动暴动以钳制广西军阀，支援广州起义。12月底，宁培瑛率领陈平、李立名等14人突袭平山团局，击毙团丁5人，打伤2人，缴获步枪4支，弹药一批。接着，准备攻打寺面团局，劳五暴动正式爆发。

1928年1月17日，新桂系当局电令平南县长兼防军营长马翼汉率军一营和1000多人的地主民团武装围攻新隆。宁培瑛率陈平等30多名战士与敌人激战，打退敌人数次进攻，附近农军也在夜间出来袭扰敌军。后来敌军调来炮兵排猛轰新隆村，强行突入村内，宁培瑛等退守村内制高点参赞庙，顽强抵抗。战斗进行到第三天，由于其他农军未能及时过来增援，李修其壮烈牺牲，宁培瑛、陈孟武、高鹏鹍以及李修其的妻子卢有权等人受伤被俘。

23日，广西平南县寺面河滩，阴风凄凄，“广西苏维埃政权的发动者”宁培瑛与高鹏鹍等被国民党反动派残酷杀害了。宁培瑛时年仅27岁。