2018年4月10日零时起，铁路部门实施2018年第一阶段列车运行图调整。此次调图后，经停宁杭高速铁路宜兴站的“复兴号”高铁列车增至10趟，宜兴站经停客列车数量调整为73.5对。

2018年7月1日起，铁路部门实施2018年第二阶段列车运行图调整，宁杭高速铁路票价实行动态调整。具体方案是：明确执行票价以公布票价为最高限价，根据客流情况，分季节、分时段、分席别、分区段在限价内实行票价下浮，最大折扣幅度6.5折。同时，经停宁杭高铁宜兴站的办客列车总数达156列。

2023年6月8日起，宁杭高铁、京港高铁合黄段（合肥南-黄梅东）将正式推出30日定期票、20次计次票等新型票制产品（宁杭高铁湖州站6月16日开售新型票制产品）。

2013年7月1日，宁杭高铁开通首日，宁杭高铁杭州东站发送旅客共计4.2万人次。

2018年春节黄金周7天，宁杭高铁溧阳站发送旅客共计2.59万人次，同比增长42.92%。

宁杭高速铁路运行列车使用CRH380BL型高速动车组和CRH380A型高速动车组。CRH380BL型高速动车组由原中国北车集团生产，设计时速是380千米/小时，在宁杭高铁的运行时速为300千米/小时。共16节车厢，两端是司机室，1-4车厢是VIP车厢和一等座，5-15车厢是二等座，16车厢是一等座和VIP车厢。列车的二等座车厢里每一排座位的底下都有一个220V的电源插座，乘客可以对电子设备进行充电。CRH380A型高速动车组被誉为“钢轨上的星级酒店”。包括VIP车厢、观光区、一等车、二等车及餐车等。坐椅乘坐空间大而舒适，并新开发了可旋转的VIP坐椅。同时，一等车厢还设置了包间，内设6个座位和一张大办公桌，一按关门按钮，自动门就会关闭，会形成一个封闭的会议室。

宁杭高速铁路使用中国自主研发的列车运行控制系统即CTCS-3级，该系统使高铁在驾驶中即时收集多种数据辅助驾驶员安全驾驶，实现电脑集成化、信息化控制，让在高速行驶状态下更精准、更可行的数字化的“信号灯”替代传统信号灯。

宁杭高速铁路使用国电南京自动化股份有限公司生产的牵引变电和变配电自动化设备，其中故障测量装置在短路试验中达到了世界领先的“200米以内”精度，大部分测距精度在100米以内，处于中国同行业首位。

宁杭高速铁路全线桥梁比例占74%，路基、隧道比例为26%，最长的隧道出现湖州，有5.315公里。宁杭高速铁路共穿越16个山洞，是华东隧道最多的一条高铁，串起来长达26.9千米。

宁杭高速铁路设计上创新，一是解决了隧道进出口的噪声问题。时速350公里的高速列车进入隧道后，由于空气动力学效应在洞口产生的微气压波会产生极大的爆炸声，严重的可使建筑物的玻璃破碎，对环境造成污染。宁杭高铁设计中，对长度大于1200米的隧道，根据洞口周边环境设置缓冲结构，有效释放列车带进来的气流，减小洞口气压，解决了隧道进出口的噪声问题，二是运行更平稳；宁杭高速铁路轨道工程采用了自主创新、技术先进的CRTSII型板式无砟轨道，提高了轨道的舒适性。

在宁杭高速铁路建设过程中，建设单位推广应用“四新”技术，开展科技创新研究和质量创优活动，取得了4项中国国家实用新型专利（《一种墩柱钢筋绑扎模具》、《一种新泽西护栏预制翻模模具》、《一种预制T梁钢筋胎具》、《一种接触网固定胎具》）。

“宁杭高速铁路南河特大桥”工程被原上海铁路局授予2009年度标准化工地。

2010年，中国水电四局宁杭高速铁路指挥部徐舍制板厂被中华全国铁路总工会授予火车头奖杯。

宁杭高速铁路开通运营后，大大缩短了宁、杭间的列车运行时间。杭州东至南京南间最快运行时间70分钟，比原来缩短近一半时间。宁杭高速铁路开通运营标志着“长三角”地区高铁网络初步形成，对于促进沿线经济社会发展、加快“长三角”地区城镇化和一体化步伐具有重要意义。