现在的辖区在江户时代被分除许多部分，有的地区属于幕府直辖领，有的地区则是中津藩的领地，也有属于锅岛藩的飞地领地。

废藩置县后，曾经先后隶属中津县、小仓县，最后才被并入大分县。

在二次大战期间，日本海军曾在此设置宇佐海军航空队，并在战争末期成神风特别攻击队的训练基地，也因此受到美军的空袭。