1985年，安徽医学院改为安徽医科大学，《安徽医学院学报》更名为《安徽医科大学学报》。1988年报刊重新登记。2011年改为月刊。

2014年11月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《安徽医科大学学报》主要刊登医学科研、医疗成果和进展的学术性期刊。

《安徽医科大学学报》辟有专家笔谈、基础医学研究、预防医学研究、药学研究、临床医学研究、技术与方法、综述、讲座等栏目。

据2018年9月官网显示，《安徽医科大学学报》编委会拥有编委81人，常务编委13人。

编委：卜海富、王德斌、王烈成、王明丽、王明明、王维利、牛朝诗、孔德虎、文刚、尹宗生、邓松华、叶山东、江启成、刘弋、刘雨生、刘业海、许杜娟、许爱娥、孙业桓、孙耕耘、孙国平、孙自敏、沙泉、吴强、余永强、汪春兰、汪思应、沈玉先、李敏、李寿玲、李晓春、李晓驷、李家斌、李光武、李向培、李卫平、李建中、张林杰、张从雨、张新书、张伯科、杨雁、尚希福、陈振东、陈志武、陈贵海、陈晓蓉、罗福成、范礼斌、孟刚、孟晓梅、周健、胡传来、胡世莲、徐元宏、徐庆连、徐德祥、徐岩、徐文安、郑曙翘、耿小平、顾尔伟、凌斌、秦侠、唐久来、秦宜德、夏荣、夏瑞祥、夏海龙、贾雪梅、梁朝朝、都鹏飞、陶芳标、梅陵宣、葛建军、傅先明、蒋建华、韩卉、翟志敏、颜雨春、樊嘉禄、戴夫

常务编委：叶冬青、刘荣玉、许建明、汪渊、、汪凯、沈继龙、沈际佳、李旭、杨森、胡志、魏伟、陈飞虎

《安徽医科大学学报》被美国《化学文摘（网络版）》、波兰《哥白尼索引》、美国《剑桥科学文摘社生命科学文摘数据库》、美国《剑桥科学文摘社ProQeust数据库》、《农业文摘数据库》、《全球公共卫生数据库》、中国医学文摘、中国药学文摘、中国生物学文摘、中文科技资料目录、CSTA、CD-CMCC、AbstractsofChineseMedicine、中国学术期刊光盘版、中国知网、中国生物医学文献数据库、Google“学术搜索”、维普数据库、中文科技期刊数据库、万方数据库等20多种中国国内外检索期刊和数据收录。《安徽医科大学学报》为中国科技论文统计源期刊、中文核心期刊要目总览期刊。

据2018年9月30日中国知网显示，《安徽医科大学学报》共出版文献12302篇。

据2018年9月30日万方数据知识服务平台显示，《安徽医科大学学报》载文量为6000篇。

据2011年中国科学文献计量评价研究中心统计，《安徽医科大学学报》综合影响因子0.523。

据2018年9月30日中国知网显示，《安徽医科大学学报》总被下载735216次、总被引34912次；（2017版）复合影响因子为0.963、（2017版）综合影响因子为0.667。

据2018年9月30日万方数据知识服务平台显示，《安徽医科大学学报》被引量为22359、下载量为285317；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《安徽医科大学学报》影响因子为1.1，在全部统计源期刊（6735种）中排第854名，大学学报（医药卫生）（114种）中排第21名。

1989年，获安徽省自然科学技术期刊编辑协会及华东高校自然科学学报编协安徽分会“全省高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖”；

1989年，国家新闻出版署期刊司、国家教育委员会科学技术司“全国高等学校自然科学学报优秀编辑质量二等奖”；

1990年，获安徽省新闻出版局、安徽省科学技术委员会“安徽省优秀期刊”称号；

1995年，获安徽省教育委员会“安徽省优秀自然科学学报二等奖”；

1998年，获安徽省科学技术委员会“安徽省优秀科技期刊一等奖”；

1999年，获安徽省教育委员会“安徽省高等院校优秀学报一等奖”；

1999年，获国家教育部“全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖”；

2003年，获国家教育部“全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖”；

2002、2005年，获安徽省科学技术厅“安徽省优秀科技期刊二等奖”；

2009年，获“安徽省高等院校优秀学报一等奖”。

以反映安徽医科大学教学、科研、医疗成果和进展为宗旨。

注：表中为2018年9月《安徽医科大学学报》编辑部官网显示的信息