为加快安徽省企业高级经济管理人才的培养，提高企业和经济管理部门领导者的整体素质，加快职业企业家人才队伍的建设，实施科教兴皖和可持续发展战略，1998年省政府第16次常务会议研究批准省经贸委、省委组织部、省教委、省人事厅联合提交的《关于组建安徽工商管理学院的请示》，决定采取资源共享，联合办学的形式，组建安徽工商管理学院，由省人民政府举办，依托中国科学技术大学、联合安徽大学、合肥工业大学、安徽财经大学、安徽经济管理学院、安徽农业大学、安徽师范大学、淮北师范大学、安庆师范大学高校承办，院本部设在中国科学技术大学（南区），联办院校设教学点。

安徽工商管理遵照办学宗旨，重点面向全省工商企业、经济管理部门招收具有一定实践经验和管理素质的在职人员，入学采用全国MBA 教学指导大纲进行课程教学，授课方式分为全脱产、半脱产及业余形式学习，宽进严出实行学分制管理，学员修满规定学分，通过毕业论文答辩，审核合格，由安徽工商管理学院颁发毕业证书，享受工商管理硕士研究生待遇。