安徽省自然科学基金委员会的委员主要由高等学校、科研机构、政府部门和企业等方面的科学家、工程技术专家和管理专家组成，实行任期制，每届任期五年。

省人民政府财政部门依法对自然科学基金的预算、财务进行管理和监督，审计机关依法对自然科学基金的使用情况实施审计监督。

安徽省自然科学基金委员会办公室（以下简称省基金办）作为省基金委的日常办事机构，负责具体的日常管理工作，省基金办设在省科技厅。