其父、兄任总统期间，他在军队中晋升很快。任国民警卫队司令时，帮助美国入侵古巴猪湾和1965年武装干涉多米尼加共和国。在首任总统期间，制定卫生和教育计划，促进工农业现代化，改善了国家经济状况，人均收入增加8%。1972年下台，但因当年发生强烈地震，造成严重破坏，他又重掌政权。1974年再次当选总统，继续进行土改，提高农民的福利，发展经济，改善对外关系。但收入分配平均和重建马那瓜等问题的失败导致不安定因素的增加。同时，索摩查家族的5亿美元资产和占有全国50%的土地激起人民强烈不满，至1977年游击队活动遍及全国，而国民警卫队因施用酷刑和强奸、暗杀等手段受到谴责。坚决反共的索摩查与其父兄一样，得到美国的支持，尼加拉瓜保守党和桑地诺民族解放阵线要求他下台。1979年7月17日被迫辞职，当年出逃，先去迈阿密，后到巴哈马，最后至巴拉圭后被暗杀。