为了改变香港恶劣的卫生环境，1883年5月，他向立法局提出《卫生修正法例》，设立第一位卫生督察和一个卫生委员会。由于委员会的成员均是政府部门官员，没有欧籍居民参加，遭到他们大肆反对，导致委员会名存实亡。在市政公共建设方面，他有较大的作为，大潭笃水塘工程、皇仁书院、政府医院，铜锣湾避风塘等都在这一时期建成，还下令正式兴建香港天文台。1884年，中法战争爆发。当时英国军方有人提出乘机攫取整个九龙半岛，宝云没有同意这一提议。战争开始，香港政府采取中立态度，但在香港的华人则奋起反法，9月，海港工人拒绝为法国船只卸货，法国船主向法庭起诉，14名工人被判罚款。华人社会群情激愤，全体码头工人罢工，港英当局出动警察、军队镇压，拘捕一些华人。后来，华入团体与港府谈判，双方作出让步，罢工才告平息。政府立即在立法局通过一项法例：对香港的安全与治安构成威胁者，可将其驱逐出境。1885年12月，以身体欠佳之由，申请提前退休。返英后著书立说，其中有名的是《100年的殖民政治》。1899年逝世。