游戏的目标是帮助菲蕾地区的宝可梦和人们解决问题，并与反派冲冲队对抗，另外还有收集全部213种宝可梦的资料。在巡护员的世界中，捕获宝可梦不使用精灵球，而是使用捕猎游标，在DS的下屏使用触摸笔，使野生宝可梦加入自己的队伍。玩家只能借用宝可梦的能力一次，使用过后，它们就会被放生，也就是离开玩家的队伍。主角的搭档是负电拍拍或正电拍拍（根据玩家选择主角的性别决定），它们不会像野生宝可梦那样完成协助后离开玩家，而是能多次协助玩家。