庆应三年十二月（除注明外均沿用旧历，下同），德川幕府在倒幕战争中接连失败，主要势力几乎被扫平。紧接着，明治政府于次年（1868，明治元年）1月发动了清剿幕府残余势力的戊辰战争，政府军于伏见、鸟羽之战大破幕府军，进逼江户。4月11日，江户的胜海舟经过与西乡隆盛的会谈，决定开城投降，并且命令停泊在品川海峡的幕府海军所有舰只向政府军投降。

然而即便如此，政府军仍旧将幕府海军看作一块心头大病，其主要原因在于幕府的主力战舰“开阳”，该舰由荷兰承建，建成后由榎本武扬亲自押船回到日本，排水量2815吨，三桅风帆·蒸汽混和动力，最高速度12节，装有160毫米克虏伯长身管加农炮18门、30磅炮8门（后又加装了9门），为当时日本最强的战斗舰。只要“开阳”掌握在榎本手中，政府军就无法压制住幕府军的海上力量。江户开城之后，和东北部奥羽越列藩同盟旧势力合流的幕府军被政府军击溃；在江户城，政府军也只是于5月15日在上野遭到准军事武装“彰义队”的袭击，此类抵抗最后被全部击溃。奥羽越列藩同盟要求一直在品川海峡坐镇观望的榎本武扬前往援助，但由于榎本向政府军提出优待德川氏和旧幕臣的要求，正在等候回复，因此并没有予以回应。5月24日，明治政府许诺将德川氏转封到骏河，给予70万石的待遇，不过对幕府旧臣却并未宽容。8月15日，政府依照许诺安置了德川氏，至此，榎本认为已经没有必要继续镇守品川海峡。

8月19日（公历10月4日，以下类推），榎本率领舰队冲出江户湾，向仙台·松岛湾驶去。榎本表面上是去援助奥羽越列藩同盟，实际的目的是驶向虾夷，在那里建立新的根据地－这一点，榎本在4月23日已经向胜海舟作过阐述。但由于当时正值台风季节，榎本舰队于8月22日在鹿岛滩遭遇暴风袭击，舰只面临被打散的危险，不得不回到松岛湾集结。这次事故中榎本损失了运输舰“咸临”和“美嘉保”，剩余6艘舰只陆续向松岛湾集结，而且它们都遭到不同程度的损坏，需要进行修理。

在榎本舰队重新集结期间，仙台藩和会津藩先后向明治政府投降，列藩同盟军基本崩溃，残余势力在松岛和幕府军的残部会合，其中也包括原陆军奉行大鸟圭介（Keisuke Ootori）和秘密警察组织“新撰组”副局长土方岁三。榎本征用了仙台藩的运输舰“大江”（Ooe）和“凤凰”（Houou）用以填补“咸临”和“美嘉保”留下的空缺，进而明确了在北方建立根据地、等待时机反攻政府军的意图。10月9日，榎本舰队装运着2500名幕府军离开松岛，于10月13日抵达陆中·宫古湾补充燃料后于18日赶赴虾夷。在幕府末期，虾夷为德川幕府直属领地，维新之后根据“王政复古”的理论建立了箱馆府。府知事清水古公考在箱馆郊外的五稜郭设立行政厅。

10月21日（公历12月），幕府军顶着大雪，在箱馆北部的鹫之木登陆。之所以不在箱馆直接登陆，是为了避免作为国际港口的箱馆发生战斗而将外国船只和人员卷入。由于幕府军当时几近穷途末路，为了在虾夷建立稳固的政权，不得不考虑到与外国列强的关系。幕府军登陆后兵分两路：大鸟圭介率领主力沿海岸线进军－包括在仙台重新组建的新撰组（队士安富才介任临时队长）、传习士官队、传习步兵队和游击队，土方岁三率领支队沿山路向箱馆迂回－包括额兵队、冲锋队和陆军队。由于明治政府在箱馆只有1200人的驻军，和幕府军实力相差悬殊，因此基本没有进行抵抗就放弃了箱馆。幕府军大鸟队在七饭村、土方队在川汲峠和松前藩的部队进行了小规模的遭遇战，10月26日，幕府军攻占五稜郭，遂于10月27日占领箱馆。英法首先承认了幕府军在虾夷建立的新政权。

庆应四年（1868，即明治元年）12月15日，榎本武扬邀请各国领事，召开酒会庆祝“平定虾夷”。同一天宣布建立“虾夷共和国”，并且在酒会上由军官以上人员投票选举出内阁成员。有关这次酒会和选举的日期，亦有一些不同的说法，比如石井勇次郎的《戊辰战争见闻略记》中记载为12月22日，而石川忠恕的《说梦录》中则记载为12月28日。

根据选举结果，榎本武扬任司令、松平太郎任副司令、大鸟圭介和土方岁三同任陆军奉行。同时，“虾夷共和国”得到了列强的承认。

“洋装散发”的榎本武扬，在建立“虾夷共和国”时年仅三十三岁。

榎本武扬将行政府设立在五稜郭－该地除了作为政府所在地之外，也是护卫箱馆的重要据点，构筑了5个棱堡和一个半月堡而形成一个五星形的要塞群，从而消除了射击死角。但是这个要塞群距离东西海岸各2.5公里，而当时最新式的阿姆斯特朗火炮的有效射程已经达到4公里，如果日本政府军（由于虾夷政权得到的多数国际承认，似乎它和明治政府的战争已经演变成两国交战而非内战）得到安装这种火炮的军舰，则意味着要塞将面临来自海上的打击而无法进行防御和反击。根据幕府末期的对外战争和长州战争的经验，榎本很清楚军舰在当时的用途之一就是对陆地目标进行压制。既然要塞群面临如此的威胁而又无法凭借自身的力量解决，那么仅有的方法就是使用军舰制海、和日本的舰队对抗以保护陆上要塞的安全。

榎本武扬在虾夷沿袭了旧幕府时代制订的迎击战略，即当时的德川幕府为了对抗外国海军的进攻，而使??山麓建设了弁天炮台，炮台上安装的火炮取自俄国军舰“迪亚娜号”－它在伊豆由于事故受损；原本准备在箱馆市区沿岸的冲之口和筑岛也设置炮台，但由于预算不足未能实现，而弁天炮台火炮过于老旧，所以榎本也无法保证箱馆市区在日本舰队袭来时的安全，只能将注意力放在五稜郭的要塞上。然而，他手中曾握有“开阳”和规模不小的舰队，这支舰队保证他离开品川海峡、驶向虾夷的自由，也在无形中剥夺了明治政府阻击他的可能。日本政府要拿下虾夷，只有派遣登陆部队这一条途径，然而他们手中的运输舰决定了不可能一次运送超过虾夷军人数的登陆部队。这样，榎本就有了选择的余地：他可以在日军登陆之前派遣舰队与之交战、一举粉碎之；也可以放第一批登陆部队上岸，然后派遣舰队攻击日本舰队、切断敌军海路联系和补给线路，登陆日军自然是瓮中之鳖坐以待毙。由此，虾夷政权有可能争取到长时间的对峙局面，从而着手进行开拓建设、以期东山再起。

“……无论和平时期或者战时，能够在本国海域或海路维持本国军舰和商务船只的通行自由，也能够阻止敌国的自由通航……”－22年后，马汉这样阐述“海权”。

然而，榎本握有的海权却在“虾夷共和国”成立之前就丧失掉了。

形势逆转－“开阳”的损失和“甲铁”登场

幕府军占领箱馆之后为了压制虾夷全境，向松前藩发起总攻。松前藩原本为奥羽越列藩同盟的一员，但由于庆应四年8月勤王派在内部发动政变，而倒向明治政府。

10月28日，土方岁三率领部队从箱馆出发，11月5日对松前城发起攻击并且一举攻占，作战期间，榎本的军舰“蟠龙”对土方的部队实施了舰炮支援。11月10日，松冈四郎次郎的部队出发包围了松前藩主松前德广（Norihiro Matsumae）藏身的馆城并于15日陷城。同一天，沿海岸线追击的土方部队占领江差，松前藩的残部渡海逃往本岛，至此幕府军占领虾夷全境。然而就在这天，“开阳”奉榎本命令前往江差支援土方的攻略作战（也有一种说法，称榎本原本只派遣“蟠龙”和“回天”出击，而留在箱馆的“开阳”官兵不满，要求出战，最后得到榎本的允许），当天傍晚的江差海峡天气急剧恶化，暴风和大雪将停泊的“开阳”刮到浅滩导致触礁，接下来连续三天的大风浪将“开阳”完全损坏，而前来救援的“神速”也因为触礁而损失。榎本连续无谓丧失两艘舰只，舰队实力急转直下。尤其以“开阳”的损失对虾夷军的影响最大，曾任江差奉行的小衫直道在回忆录《麦丛録》中惋惜的写道：“……吾等皇国无二之战舰遭此不幸，有如众人在黑夜失去灯火般可惜”。

福无双至，祸不单行，紧接着“开阳”的损失，铁甲舰“甲铁”的登场彻底扭转了双方的海上力量对比。

1863年美国南北战争期间，南方叛军向法国订购了一艘铁甲舰，为木制船体外部覆盖厚度4.5英寸的铁制装甲，排水量1358吨、蒸汽·风帆混和动力、最高速度6～8节。船艏炮廓安装一门阿姆斯特朗300磅炮，另有2门阿姆斯特朗70磅炮、2门6磅炮和2门4磅山炮，此外舰艏还装有3.5米长度的冲角。1864年该舰在法国建成，命名为“斯芬克斯”，原本准备通过瑞典将它出售给丹麦，然后由丹麦转手给美国南军。然而它在抵达古巴的哈瓦那时，南北战争就已经结束，结果该舰在哈瓦那被美国接收，命名为“StoneWall”。庆应元年（1865），德川幕府幕臣小野友五郎被派遣到美国采购军舰，他以40万美元的价格订购了这艘“StoneWall”。庆应三年，交易谈成。庆应四年4月23日，从纽约出发的“StoneWall”在舰长乔治·布朗中校和美国船员的押送下抵达日本，当时德川幕府已经还政，日本国内正进行戊辰战争。幕府和明治政府都要求美国将军舰卖给自己，并且都支付了价值10万美元的最后一笔货款。而美国人以中立为名，收下钞票之后扣船不发，静观局势发展。10月26日，明治政府击败奥羽越列藩同盟，立即向各国报知战争结束，要求解除中立。12月28日，美国在取消中立的同时将“StoneWall”解冻并正式出售给明治政府（另有一个问题，幕府支付的10万美元哪里去了。呵呵）。明治二年（1869）1月6日，明治政府如愿以偿得到了“StoneWall”，并且命名为“甲铁”（KouTetsu）。至此，对虾夷的进攻终于成为可能。

由于当时正值严冬，日本遂考虑等待开春再实施越洋登陆，另一方面由于东北战争刚结束，也无法及时调集登陆部队。日本准备投入8000人的陆军对虾夷实施攻击，按照当时的海运能力一次可以运送1500～2000人登陆，因此维持从本岛到虾夷的海路安全至关重要。如果“开阳”没有损失，那么势必会在海面上和日军的王牌－“甲铁”决一雌雄。从技术上看，“甲铁”的优点在与拥有全面的装甲防护和威力大、射程远的火炮，它的火力足以在五稜郭要塞的射程之外对其实施打击；而“开阳”的速度高于“甲铁”，其火炮数量也占有压倒性优势，榎本在得知明治政府准备购买“甲铁”之后，还特别进行了穿甲弹的开发，如果“开阳”能够凭借速度的优势避开“甲铁”的主炮而从侧后对其实施灵活打击，那么即便是拥有装甲的“甲铁”也难免不露出破绽－这不禁使人联想到美国内战期间“莫尼托尔”把“弗吉尼亚”打得团团转的战例，“弗吉尼亚”虽然没有被击沉，但是船员由于炮弹轰击到装甲上的冲击和噪音而导致耳鼻出血、永久性耳鸣和致聋等生理伤害，显然这种人体工程学的比拼也有可能在“开阳”和“甲铁”之间发生。

不过，“开阳”的损失使这一切都变成了不可能。榎本武扬的长期对峙战略已经破产，他不得不在丧失海权的情况下，和日本军队决一死战。当然，如果“甲铁”也不存在，势必将双方海上力量对比拉回一个相对均势的状态，以迫使日本政府重新考虑虾夷攻略的可行性，从而为榎本的虾夷政权带来一丝新的曙光。倘若榎本再进一步，将“甲铁”据为己有，那么夺回海权、再度建立对峙的有利局面便会更快地到来。于是，一个胆大包天的计划便顺理成章地登台亮相了。

明治二年春，日军在青森集结准备越过津轻海峡登陆虾夷。3月9日，由军舰“甲铁”、“春日”、“阳春”、“丁卯”和运输舰“戊辰”（Boshinn）、“丰安”（Houann）、“晨风”（Shinnbuu）、“飞龙”（Hiryou）组成的日本舰队在海军参谋增田虎之助（Toranosuke Masuda）的率领下自品川海峡一路北上，在沿途遭遇几场暴风雨之后，日本军舰三三两两地进入了宫古湾，其中“甲铁”于3月18日入港。

面对这一局势，虾夷舰队“回天”舰长甲贺源吾（Genngo Kouga，当时任军舰头，兼任“回天”舰长）提出派遣奇袭舰队突入宫古湾，出其不意地夺取“甲铁”。虾夷方面就这个大胆的提案向法国顾问布吕涅征求意见，此人原为幕府军事顾问，在榎本前往箱馆时无视法国政府发出的回国指令，与榎本和其他6名顾问（其中5人为仙台登船）一同前往虾夷。布吕涅认为“对敌舰队实施攻击就是最好的防御”，认为甲贺的奇袭计划可行。就此，决定启用虾夷舰队中最强的“回天”和两艘小型军舰“蟠龙”和“高雄”实施奇袭，计划三艘军舰悬挂外国旗帜进入宫古湾，然后由“蟠龙”和“高雄”对“甲铁”进行左右接舷，由两舰运送的突击队登上“甲铁”将船员压制在舱内，然后将“甲铁”拖走；“回天”负责攻击港内其余日本军舰、为突击队提供掩护。然而，虾夷军对恶劣的天气考虑不周，同时疏忽了“甲铁”上安装的加特林排枪带来的威胁。事实证明，“甲铁”不是池田屋。

为了夺取甲铁舰，海军奉行荒井郁之助、回天舰舰长甲贺源吾及法国军事顾问等人制订了“接舷攻击”的作战方案：回天丸、蟠龙丸、高雄丸悬挂外国国旗突进宫古湾，展开战斗前更换成日章旗并由回天丸掩护、蟠龙丸和高雄丸与新政府军的甲铁舰接舷，陆军借此机会登上敌舰控制其机舱、驾驶室等重要设备。由于悬挂第三国国旗只是混进宫古湾，战斗中则更换成日章旗，因此这在万国公法中是被允许的。

主舰回天丸上载有作为总司令的荒井郁之助、陆军奉行土方岁三、以及法国的军事顾问等人，另外陆军的神木队、彰义队等100名突击队员也分别登上3艘战舰。

5月2日（旧历：3月21日）黎明，3艘军舰按回天丸、蟠龙丸、高雄丸的顺序用缆绳连成纵队，从箱馆出港。第二天，3艘军舰暂时停靠鲛港（青森县八户市）观察宫古湾的情况。当天夜里，继续航行的舰队受到暴风雨的袭击，由于缆绳被刮断致使3艘军舰失去了联系。5月5日（旧历：3月24日），天气逐渐转好，回天丸和高雄丸悬挂着外国国旗先后驶入山田湾（岩手县山田町），蟠龙丸则在与主舰失去联络的情况下暂停鲛港待命。同日，停泊在山田湾的2艘军舰得到了新政府军舰队在宫古湾停靠的确切情报。为了防止就在眼前的敌人逃跑，旧幕府军不等与蟠龙丸汇合，便重新制定了作战计划：由回天丸负责牵制敌方火力，高雄丸负责与甲铁舰接舷。战斗决定于5月6日（旧历：3月25日）凌晨4点打响。

与此同时，新政府军虽然收到有所属不明的军舰接近宫古湾的消息，但由于以左贺藩为中心的新政府军过于轻敌，并没有引起注意。反而来自萨摩藩的陆军参谋黑田清龙对此格外重视，他催促海军方面对不明船只加以确认，但海军副参谋石井富之助却不以为然。

5月5日（旧历：3月24日）深夜，回天丸和高雄丸向宫古湾进发。但在途中高雄丸因为受到前几日暴风雨的影响而发生故障，于是旧幕府军再次改变作战计划：由回天丸负责接舷，高雄丸则暂时修理并暂定于中途参战。5月6日（旧历：3月25日）凌晨，速度较快的回天丸为在天亮之前混入宫古湾而加速前进。回天丸的特征之一是它的3根桅杆，而其中一根在暴风雨中被折断，加之悬挂了美国国旗，因此其接近并没有引起新政府军的注意。回天丸一靠近甲铁舰就马上换上了日章旗，在甲铁舰附近警戒的萨摩藩籍军舰春日丸发现敌情立刻鸣炮报警。

虽然突袭成功，但由于回天丸是明轮船（在船两侧装着明轮的蒸汽轮船），因此不能与甲铁舰平行接舷。舰长甲贺源吾费尽力气才让回天丸的舰艏抵上甲铁舰的右舷，但这样的接舷使甲板间产生了高达3米的落差。随后，突击队员虽然奋力扑向甲铁舰，但由于舰艏接舷面积狭小，不允许大量的队员攀登，加上甲铁舰右舷火力强大，突击队员均中弹负伤。而春日丸发出报警信号后，新政府军的军舰均进入作战状态，合力围攻孤身潜入的回天丸。甲贺源吾手腕、胸部负伤。激战持续了30分钟左右，荒井郁之助见败局已定便亲自掌舵撤离。

脱离宫古湾的回天丸在撤退途中与一直在鲛港待命的蟠龙丸汇合，于5月7日（旧历：3月26日）返回箱馆。而发生故障的高雄丸则遭到前来追击的甲铁舰和春日丸的袭击，舰长古川节藏带领95名船员在田野畑附近登陆，他们烧毁船只后投降了盛冈藩。

新政府军方面，运输船戊辰丸由于受到回天丸的袭击而不能继续北上，因此载伤员返回江户。