有纪宁从小在父母严格的家教下成长，成为了一个知书达理的女孩，而哥哥宫泽和人对父母的束缚极为不满，经常与父母争吵，尽管兄妹两人的性格完全相反，但关系却十分要好。和人进入高中后，在社会上拥有了众多的伙伴，当时，有纪宁并没有见过这些“伙伴”，心理上对他们十分恐惧。和人之后与父母断绝了关系，但经常会找出机会与有纪宁单独见面，一起度过了不少愉快的时光。

后来和人为了拯救同伴而不幸去世，在葬礼上，有纪宁看到为和人流泪的那些人们，开始思考着自己应该去试着了解和人的生活方式。她去了不少和人曾经待过的地方，鼓起勇气接近那些“伙伴”，进行了大量的交流，渐渐地与大家相处在一起，将这个团体视为自己心灵归属的场所，自己也成为了被众人所信服的“大姐头”。

在光坂高校内，有纪宁常常在被人遗忘的资料室中阅读着老旧的书籍和杂志，自称是资料室的管理员。面对偶尔外来的客人，有纪宁会进行热情的接待。故事起初，朋也因为想要寻找休息的地方而偶然来到了资料室，后来也带上了春原与有纪宁认识，此后有纪宁经常与他们分享自己引以为豪的咒语，朋也和春原也在这里感受到了家庭般的温馨。

随着日子的推移，朋也与春原拜访有纪宁成为了家常便饭。宫泽团体的人们也经常偷偷来光坂高校与有纪宁见面，但在一年级时给身边的人添了不少麻烦，于是将这里设置为了他们的会面场所，每当受伤时，有纪宁便会耐心地为他们疗伤与进行心理安慰。

（注：游戏中的学园篇有纪宁线与动画《CLANNAD～AFTER STORY～》第7~8话所讲述的有纪宁故事，在背景设定和故事情节上有较大的差别。在游戏中，有纪宁线的主要内容为有纪宁在资料室中与朋也、春原所展开的日常，路线的尾声，朋也陪同有纪宁一众祭拜和人时，有纪宁才开始对和人的故事婉婉道来，在此之前并没有具体情节的展开；而动画版中，和人被设定为了小镇中的不良头目，小镇的斗争、宫泽团体的酒吧也作了完整的展现。以下介绍动画版剧情。）

小镇上，有两股势力争夺着地盘，曾经的和人与须藤所在的团体是其中一方，他们以河为界，互相对立。和人武功高超，被称为是“唯一能和坂上智代正面对决的人”，自从他成为老大之后，敌方的势力很少再敢出手，然而小打小闹每天都在持续着，和人临终前都希望这场争斗结束。考虑到敌方如果知道和人已经过世就会毫不犹豫地前来进攻，经过讨论后，宫泽团体隐藏了和人过世的消息，对外宣称和人一直在住院。

自称为“勇”的小男孩在姐姐走失后，闻风声听说姐姐加入了宫泽兄妹的团体，于是前来找有纪宁寻找线索。由于过去和人基本不对外露面，只被传闻长了一头金发，而春原拥有着相同的发色，在被勇误认为是和人后，春原想要出风头而将错就错。同时，春原被暗藏在角落里的不良少年所注意，他们误以为和人已经出院，恐惧已经没有胜利的希望，开始了背水一战的袭击计划。

有纪宁成功联络到了勇的姐姐，带众人来到了和人曾经所管理的酒吧，当被问及关于和人的消息时，有纪宁谎称哥哥还在住院中。由于春原在白天被将他误认成和人的不良少年盯上，有纪宁一众夜归时被他们所拦下，欲进行袭击，被在夜晚巡逻的智代所救。

被打倒的敌方误以为将他们教训成功的人是和人，春原再次将错就错，对外称将袭击而来的人们打倒的是他自己。智代了解情况后劝说有纪宁一众赶紧停止这些荒唐的争斗，否则会使警察们介入。宫泽团体决定向敌方开战，而有纪宁亲自前往敌方劝说他们停止争斗，但因无法解除春原的一系列行为所造成的误会而劝说失败。敌方要求和人来与他们进行一对一的决战，春原便被宫泽团体要求去冒充和人进行战斗。

对战当天，敌方对于和人迟迟不能到达现场表示无法忍耐，朋也主动出手，从傍晚僵持到天黑，两败俱伤。有纪宁为了使战斗平息，声称自己跑去叫哥哥，在幕后悄悄假扮成和人的模样，之后出现在月下引众人注目，被敌方袭击后很快现出真身，令全场人震惊。有纪宁哭喊着让大家住手，并用自己弱小的身躯去抵挡进攻，对方才因此渐渐停手。须藤也在此时道出了和人其实已经过世的事实，大家陷入了沉默。

战斗结束后，有纪宁将众人带到了和人的墓前，向他们陈述了所有的事实，包括和人的心愿，成功感化了大家，停止了双方的争斗，有纪宁也解开了这个一直以来的心结。之后，有纪宁向朋也等人述说着幸福的心声，在朋也触摸到“光”后，为大家讲述了光玉的传说。