天文十二年（1543），神保长职的家臣水野胜重筑。是神保氏三代的居城。

天正四年（1576），上杉谦信出兵两万攻下富山城。两年后谦信去世，神保氏趁机夺回此城。

天正七年（1579），织田信长任命部将佐佐成政为城主。

天正十二年（1584），佐佐成政在后来与秀吉对抗中失利，被秀吉攻下富山城。

庆长二年（1597），富山城归前田利长所领。

两年后，前田利长将居城移到金沢城，建立了后来前田富山藩的基础。