小卧蛇岛历史上属于琉球国，日本明治维新后，被强行并入日本。1908年4月1日，日本实施岛屿町村制时，包括小卧蛇岛在内的十个岛屿成立十岛村，隶属大岛郡，村公所设于中之岛。二战后，被纳入美军治理。1952年2月10日，美国将岛屿治权归还日本。1973年4月1日，十岛村改隶属鹿儿岛郡。