历史上关于小开曼岛最早的纪录可追溯至1503年5月10日、欧洲首位发现美洲大陆的航海家克里斯多福·哥伦布第四、五次出航时，当时其船队因强风而被迫偏离航道，当时他见到此处有许多海龟而将这座岛屿命名为“Las Tortugas”（西班牙文：海龟），后来该岛才因为岛上有鳄鱼而更名为“Las Caymanas”（西班牙文：鳄鱼）。自从这座岛被发现之后，直到今天仍由岛上稀少的居民继续经营下去。

最早有人在小开曼岛上定居的纪录是在17世纪，当时捕龟者在此岛扎营，在1671年西班牙殖民者的掠夺之后放弃定居；此后直到1833年才又开始有人定居，当时有几个家庭在此共同建造名为“花儿村（Blossom Village）”的村庄。20世纪前期，为数不多的居民在小开曼岛上以输出磷矿、椰子和海军绳维生。