小智和小茂从大木博士手里得到了宝可梦图鉴和一只初始宝可梦，作为帮助博士记录下这个世界上（关都地区）所有的宝可梦的报酬。见到小智选择了小火龙，小茂选择了克制火属性的杰尼龟。之后小智接连捕捉到小拉达、烈雀、绿毛虫和波波，在抵达常磐市前，遇到了先到一步的小茂。两人进行了第一次对战，小智因为与小火龙心意不相通和属性克制，败给了小茂的杰尼龟。

在深灰市道馆馆主小刚的指导下，小智明白了属性克制和宝可梦是训练家的搭档，得到了灰色徽章和“忍耐”的技能学习器。再次踏上旅途的小智战胜了华蓝市道馆馆主小霞和枯叶市道馆馆主马志士，得到了蓝色徽章和橘色徽章，小火龙等级达到要求，进化成火恐龙。用宝可梦爱好者俱乐部会长给予的兑换券换了自行车，穿过了岩山隧道，来到了紫苑镇。

按照紫苑镇乔伊小姐的指示，小智前往宝可梦之家，见到了母亲被火箭队抓走的卡拉卡拉。听闻宝可梦之家的主人富士老人为了让霸占宝可梦塔顶层的火箭队不再阻止镇民前往祭拜，前去交涉却被火箭队抓住的小智，孤身一人前往宝可梦塔营救富士老人。同样来到紫苑镇的小茂为了成为英雄先小智一步进入塔中，从火箭队手里抢来幻影透视镜，交给了小智。借助该仪器，小智发现塔中的卡拉卡拉的母亲的幽灵，使因为母子感应而来到塔中卡拉卡拉解开心结。击败了火箭队，救出了被囚禁的富士老人。为帮助小智集齐图鉴，富士老人将将宝可梦之笛、钥石和喷火龙进化石X送给了小智。

之后小智击败了彩虹市道馆馆主莉佳和浅红市道馆馆主阿桔，得到了彩虹徽章和粉红徽章。捣毁了火箭队地下基地，挫败了火箭队在金黄市占领希鲁夫公司，谋夺能捕捉任何宝可梦的大师球的邪恶计划，见到了火箭队首领坂木。事后小智击败了金黄市道馆馆主娜姿和红莲岛道馆馆主夏伯，得到了金黄徽章和深红徽章，在宝可梦公馆中发现富士老人对梦幻和超梦的记录。击败了格斗道场的空手道王，得到了飞腿郎。身经百战的火恐龙进化成喷火龙，被小智带着挑战常青市道馆馆主坂木，成功获胜。此战唤醒了坂木的初心，他选择解散火箭队，重新开始。

集齐八枚徽章的小智来到了宝可梦联盟，先后击败四天王中的冰系天王科拿、格斗系天王希巴、幽灵系天王菊子和龙系天王阿渡后，他步入冠军的房间，见到了先一步成为冠军的小茂。小智以喷火龙、拉普拉斯、飞天螳螂、嘟嘟利、猫老人和雷伊布的阵营，成功击败小茂，成为宝可梦联盟的新任冠军，登入了名人堂。

成为冠军的小智为完成大木博士的目标而继续旅行，在集齐宝可梦图鉴上149种宝可梦后，他收到了小茂重伤的消息。赶回真新镇后，他发现打伤小茂的宝可梦是未被发现过的新品种宝可梦。决心收服这只宝可梦的小智想起在宝可梦公馆找到的那本日记，知道了这只宝可梦名叫超梦，是梦幻的基因制造而成。其后小智前往华蓝洞窟，以和喷火龙强韧的羁绊触发了超级进化石的力量，让喷火龙进化成超级喷火龙X，成功击败超梦，将其捕捉。完成了图鉴的小智结束了旅途，回到了真新镇。吃甜品时小智意识到还有梦幻没有捕捉，于是他决定继续他的冒险之旅。

你看，他不是很有趣吗。

他从小就很迟钝，也不服输。但他为人真诚，也善于吸取周围知识来成长。他的话，能成为优秀的宝可梦训练家的。

他不是个普通的小鬼，是个会刺激我的神经的自大的小鬼。

老夫看到他正直的双眼，就把一切都赌在他身上了。