小老鼠多来米为了偷吃贡品，跟随一对夫妇到了灵堂，听到他们许愿，求祖先赐给他们一个孩子。赶来寻找多来米的灶王爷，意外知道了那对夫妇求得的孩子，竟然是紫魁星转世。三千年前，发生了“九星连珠”的天象，天下黑暗。妖兽——年，利用这一时期妄图霸占天下，毁灭众生。紫魁星就在这时候下凡，与守护大地的十二圣兽一起联手打败了年，将他封印在年魔岛上，人间才得以安宁。新的“九星连珠”时间只剩下几年了，届时年魔将会冲破封印再度危害人间。是对付年魔的希望，就是作为紫魁星转世的小海。但原本的小海只是一个普通的孩子，必须找到十二地支守护灵兽，学到他们的绝世功夫，用自己强大的能力结合起来，要想打败年魔，就必须成为真正的紫魁星。灶王爷发誓要帮助小海成为紫魁星。七年过去了，小海已经成长为一个活泼的七岁孩子。而封印中的年魔，也马上就要觉醒过来。

大眼和长嘴两只黄鼠狼是一对小偷搭档。他们偷偷进入小海家偷东西，却被早有提防的小海捉弄得够呛。小海一路折磨两个笨小偷一直到港口，却不小心失误闯了大祸，将村子里的船都烧毁了。正当小海的父母为孩子的错向村里人道歉时，村长却主动登门送上来一只盒子，让小海父母悲痛万分。原来收到盒子，说明小海已被选作送给年魔的贡品。小海父母在灵堂中求先人保佑，看到不小心被多来米碰倒的灵牌还以为祖先显灵，决定带小海逃难。逃难路上，小海一家看到另一个村子因为没有贡品而被年魔摧毁。小海听到父母的谈话，知道因为自己可能会让整个村子遭殃，于是，他决定返回村里，而灶王爷那边，看到多来米屁股上的印记，才领悟了书上记载的十二圣兽“以星为印”的含义。紫魁星要成为真身，就必须要找到十二圣兽，而多来米，正是十二圣兽之一。

小海的父母找不到他，猜到他已经回到了村子，非常伤心。而自愿作贡品的小海还在祭坛上等待年魔到来。为了劝说小海离开，灶王爷在空中显身，却被小海当他是年魔，用弹弓打。灶王爷随后向小海介绍了自己，再度劝他快离开，小海不肯走。大眼和长嘴两个小偷又潜入村子作案，欢歌笑语不亦乐乎。而正这时候，年魔降临了。小海毫不畏惧年魔，反而对年魔的外貌进行一番惹人恼怒的挖苦，将年魔惹怒了。年魔大发雷霆，将村庄毁坏。小海眼睁睁看着爸爸妈妈被狂风吹走，自己却无能为力。灶王爷用一只仙锅救下小海，告诉小海他就是紫魁星转世的事，并告诉他打败年魔的方法。随后灶王爷送给小海一个法宝，嘱托多来米帮助小海寻找其它圣兽，自己拖住年魔，让他们趁机逃走。为了救出爸爸、妈妈，小海必须要经历千辛万苦寻找十二位圣兽师傅学艺习武，完成修炼成为武功高手，于是决定拯救天下苍生，打败魔头年兽。

小海和多来米逃离危险。多来米满腹牢骚，小海却坚持要找回爸爸妈妈。两人回到被破坏的村庄，万分悲痛。多来米告诉小海灶王爷的嘱托，如果能找到另外十一只圣兽，就能够打败年魔，救回小海的爸爸妈妈，以及灶王爷和其它人。小海于是下决心，开始了寻找圣兽的旅途。年魔回到年魔岛后，身体感觉不适，从口中吐出了大眼和长嘴。乌鸦觉得两人有利用价值，劝说年魔让他们在白天跟踪小海的下落。年又赐予了乌鸦法力，让他暗中盯着两只黄鼠狼。小海和多来米经过研究，知道灶王爷留给他们的宝物的用途，原来是一艘巨大的可以飞在天空中的宝贝船。两人乘坐宝贝船飞过大海，来到一个居民都是獾的奇怪小镇——梅花庄。面对来往的奇怪行人，两人的眼睛却专门盯着别人的屁股，寻觅着圣兽所有的印记。

小海第一位找到的师父是霹雳虎，在北岭三雄的擂台上偶遇，试图摸屁股，被带回武馆习武，一番折腾和比赛下获得对方的锦囊，领悟绝学金刚拳，并得到一对金刚护腕，在好几天的训练下，打败北岭三雄。之后继续踏上寻找圣兽之路，飞舟在一座朝阳城坠落，来到一家面馆，和一头闹事的野猪大战，并结识第二位师父大肚荣，学习了太极之功，领悟真气和以柔克刚之道，且学会了做拉面，与野猪帮主大战后救了对方弟弟，因此和好，坐上飞舟离开。第三位找到的师父是一匹叫追风的马，在红月泉守护红月宝珠，但被一只会隐身的蜥蜴偷走。小海的飞舟被沙尘暴吹翻，与陷害追风的沙里飞结识，殊不知他才是偷走宝珠的盗贼，小海和追风产生误会，和追风与沙里飞对峙时发现对方真面目，追风帮助他打走沙里飞，与追风学习穿心连环腿，锻炼脚力。一脚踢飞高里飞夺回了宝珠。小海将宝珠送回原处，荒漠恢复成绿洲，告别追风。

小海和多来米乘坐大茶壶来到了火山，却不小心跌入了火山深处，遇到了第四位师父铁锤，同时还是上古神牛，他锻炼小海的体力，干各种粗活增强力气，使他拿起沉重的玄天锤，在与年兽大战之后，将玄天锤赠给他，并与铁锤昏倒在雪山上，被路过的羊师父洪景天发现，小海起初不相信他是圣兽，被洪景天用针灸扎催眠后梦见父母得了心病，洪景天抢走他的弹弓，让小海来夺弹弓。随后和多拉米一起利用激将法让小海斗志再生，跟随洪景天学习混元飞星手的绝技，洪景天遇到昔日的师弟赤麝翁，赤麝翁因误会与洪景天结仇，挥动毒拐向洪景天发动攻击中毒，小海为救师父上山寻找天山雪莲，发功打伤赤麝翁，洪景天与师弟和好如初。小海和多来米来到铜城，遇到了第六位师父如月，已经失忆的她住在一个好心的爷爷家，如月被土匪首领路路通蒙骗到恶人山寨，为了帮助如月恢复记忆，小海用了很多稀奇古怪的办法，她来到绝壁峰，终于回想起自己是一名捕快，如月用计假意抓小海去山寨，不料被飞天蝙蝠看穿，中了陷阱，如月传授小海影舞步轻功，二人突破机关，在与路路通的周旋下将他囚禁在地牢。

小海和如月在数次与路路通周旋后，如月知道了真相，但还是顾忌于身份职责，还是强行把路路通逮捕，小海也找到了第七位师父，路路通帮助小孩修理好了飞舟的吊坠，并送给他一包炸药。小海因嫌多来米碍事而将他赶走，因此独自一人寻找剩下的师父。他在路上找吃的时候，听见呼救声，看到冷烟儿被倒吊在树上，小海去救她时，不料自己被吊起来，弹弓也被抢走。于是找到冷府试图索要弹弓，却屡次被戏弄。经过一番交手，间接也找到了第八位师父冷石，冷石让小海一边练字法，又一边勤学武艺，加上冷烟儿的相助，最终成功习得铁爪功，并将夜袭冷府的年兽打走。小海离开冷府，来到逍遥镇肚子饿了找混沌吃。第九位师父智空出现偷走了一坛酒放到了小海的面前，小海被误会成偷酒贼，后摆脱追捕去追智空，在一处酒庄救了一个小孩八宝。八宝娘请小海吃饭，忽然发现生病的多来米被收留在此，后来继续追智空到了乱石岗，传授小海三种伏魔棍法，但条件是要赠酒和回答问题。在智空的调教下二人和好，于是小海一边学武一边照顾多来米。学完了所有棍法后，智空带着小海去找第十位师父竹叶青。

智空带着小海和多来米来到翡翠林子一间房里，见竹叶青不在，于是只能寻找和等待，他发现一只飞镖上面有圣兽印记。之后竹叶青回到酒庄，逮到了两只捣乱的黄鼠狼，让他们制造噪音帮助小海修炼通灵之感，还让小海蒙着眼睛踢酒罐训练听声辨位。一次竹叶青和智空比赛，长嘴想借机对付小海，用多来米为由把小海骗到迷竹林，趁其不备将他踢入其中迷路，小海听到竹叶青在林外传来的声音，让他用心去体会方向。可小海却碰见了年，竹叶青说那只是他心中的幻觉。小海静下心，年也随之消失。随后又在竹叶青的点化指引下，终于成功走出了迷竹林。竹叶青称他已经练成了“通灵之感”，且告诉他九星连珠即将到来，送给小海地图，让他去卧龙山寻找最后一个师父。乌鸦将消息告诉给年，年决定亲自出马。小海来到龙宫，用通灵之感找到师父所在，与被年用镇龙锁封印的龙震天大战，之后说自己真身被年带走，元神则被镇在了龙潭底下。小海为了救出龙震天，试图破坏镇龙锁，乌鸦来阻止小海，反被漩涡吞噬，最后小海用蛮力解开封印，并骑上龙震天飞到年住的黑风岛，多来米装作神仙哄骗大眼和长嘴带自己去找小海，小海和多来米与年周旋后不敌而坠崖，多来米把小海给他的回天丹喂给小海，小海醒来后帮助龙震天找到了他的肉身，并用玄天锤解开封印使其恢复本体，龙震天摆出紫魁风华阵召唤紫魁星，小海总算完成了所有修炼，龙震天呼唤其他圣兽到来。

小海终于找到了所有十二圣兽，年魔为了拖延时间，通过混沌之门进入了混沌界。天空中出现了日食，一旦九星连珠完成了，再想战胜年魔就困难了，必须尽快找到他并打败他。混沌之门已关闭，十二圣兽集合众人之力，为小海争取了半个小时用来战胜年魔的时间。小海闯入混沌界，而终究晚了一步，九星连珠已经完成了。成为紫魁星的小海和力量完全复苏的年魔之间，展开了最强的较量。就在小海初步得胜心中窃喜时，被年魔吸进肚子里。年魔将小海吞入腹内，十二圣兽也因体力不支皆累倒了。获胜的年魔四处为患人间。落在年魔肚子里的小海，经过一阵摸索，遇见了灶王爷爷。灶王告诉他九星连珠的时候，年魔便具备完全吸收魂魄的能力，一个时辰便会将所有人的元神当作营养吸收掉，要想阻止年魔，只有靠小海自己。小海在年魔的体内一阵折磨，让年魔痛苦不堪，终于将小海连同灶王又吐了出来。重获自由的小海和年魔展开再次的殊死较量。圣兽们知道了他害怕光亮的弱点，由路路通带头，各地的人们开始用烟花来驱逐年魔，年魔四处逃窜，无处落脚。而小海背后的紫魁星印光芒闪动，向年魔发出了最后的绝杀，最终年兽被十二圣兽封印，天下恢复安详。