信浓守护小笠原氏后裔。小笠原贞庆长子。母亲为高田长成之女。

1582年，织田信长去世后，父贞庆成为德川氏家臣，秀政（初名贞政）作为人质。1585年随石川数正出奔至丰臣秀吉一方，父亲贞庆亦来侍奉秀吉。贞政受秀吉偏讳改名为秀政。1589年受父亲相让继承小笠原家督。后娶家康孙女登久姬。

1590年参加小田原之战并立功。

1595年，受封从五位下上野介及丰臣姓。

1600年参加关原之战，守备宇都宫城。

1601年移封信浓饭田5万石。

1607年出家，家督由长子忠修继承。1613年移封信浓松本8万石。

1615年参加大阪夏之阵，于天王寺口之战中受大坂方猛攻，忠修战死，秀政负重伤逃脱。因战伤去世，享年47岁。后家督由次子忠真继承。