千年之后，小青和小白发现了阿宣的转世人许仙，虽然小白和许仙结婚，但是却被法海发现，法海囚禁了许仙。小青与小白为救许仙准备水漫金山寺，结果小白被法海镇在雷峰塔下，而小青被法海打入修罗城。

法海为了永除祸患，将护体金光赐予牛头帮主，让他在修罗城中大开杀戒（包括小青）；而小青则遇上小白的部分魂魄转世的蒙面少年；在他的帮助下，小青历经艰险，在黑风洞中击败法海（注：蒙面少年是由小白的一部分灵魂转世而成，并不是小白本体转世而成，《白蛇：缘起》中小白将灵魂与珠钗相结合，而在抵抗法海的过程中珠钗碎裂，小白的灵魂也会随之受到伤害，其中一部分夹杂着小白的灵魂落入轮回之后因车祸来到修罗城，珠钗余下的部分和小白剩余的灵魂都被镇压在雷峰塔下）。