住在真新镇的少年小智，迎来了能获得宝可梦训练家资格的10岁生日早晨。对从未见过的宝可梦与未曾见过的世界感到憧憬的小智本应到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦，可是他却睡过了头，等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。“你是不是很讨厌我？可是，我很喜欢你哦！”尽管两人有过冲突，却也慢慢建立起友谊。外出旅行的那天，小智与皮卡丘看见传说中的宝可梦凤王在天际翱翔，并拿着凤王落下的虹色之羽立下了“总有一天，我们会一起去见它！”的誓言。

于是小智为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一起展开了旅程，他们在途中遇到了训练家诚子与宗次，并听到了有关凤王的“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士”的传说。在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦玛夏多的引导下，小智一行人前往凤王栖息的地方天青山，此时却出现了一名强敌。小智与皮卡丘是否能见到凤王。为了实现启程那天所立下的誓言，现在，他们即将展开成为“真正的伙伴”的冒险。