崇祯元年（1628年）拔贡，在京供职。十七年，清兵陷北京，乃弃职回乡，教授生徒。

清顺治三年（1646年），翟式耜等拥立桂王朱由榔于广东肇庆，改号永历。尹遂投笔从戎，追随桂王十四年，辗转流离于两广、云贵、历官主事、员外郎、给事中、太常寺卿、都御史、通政使、左右侍郎，先后浩授正议大夫、通奉大夫、正奉大夫。

永历十三年（1659年，顺治十六年），清兵陷滇西，桂王由腾越（今云南腾冲）夜走缅甸。朝官多散失，尹从驾不及，乃徐收兵复腾越，督杨武坚守。并沥血草奏达行在，誓抗清兵，复兴南明。桂王乃授尹为兵部左侍郎，并许假“便宜行事”。

永历十四年三月，杨武以腾越降吴三桂，并劫持尹去昆明。尹于途中作《去滇》一首，诗中云:“已无寸土存商社，为恭余生见楚天。报国未能伤发短，再瞻陵阀是何年。”既至，吴三桂劝降，终莫能屈，遂遣释原籍。