1990年策划《新生代艺术展》，于1991年在中国历史博物馆展出。

1993年被文化部破格晋升为副教授，成为国家文物局委托培养中国书画鉴定专业硕士研究生导师。同年由生活、读书、新知三联书店出版个人文集《独自叩门——近观中国当代主流艺术》。

1996年成为《读书》杂志专栏作家、《美术星空》栏目总策划、《东方》杂志专栏主持人。

1997~1999在中央美术学院主持“中国当代美术创作与批评”研讨活动，邀请国内一百多位艺术家、批评家、艺术经纪人、艺术策划人口述近20年的个人经历。

1997~1998年担任中央电视台大型电视片《20世纪中国女性史》的总策划。

1999年晋升为教授。 同年作为艺术批评家参加韩国汉城的《东北亚及第三世界艺术展》。当年又策划系列文化电视片《发现曾侯乙墓》。

2000年应邀去美国康乃尔大学、哈佛大学、纽约大学作中国当代艺术和女性史的演讲。

2001年去英国大英博物馆参加“顾恺之《女史箴图》国际学术讨论会”，发表重要论文《明代后期鉴藏家关于六朝绘画知识的生成与作用》。同年策划大型文化电视片《点击黄河》。

2002年6月在三联书店出版个人文集《后娘主义——近观中国当代文化与美术》。主要著作有《关于淮安王镇墓出土书画的初步认识》、《明代后期鉴藏家关于六朝绘画知识的生成与作用》、《董源概念的历史生成》等，在三联书店主编“开放的艺术史”大型系列学术丛书等。曾被评为北京市优秀青年骨干教师。

作为刚刚成立的中央美术学院人文学院负责人，尹吉男独特的学术经历可谓适得其所。求学历程，从考古到艺术；研究方向，从美术史到文艺批评。这样的跨越使他对中国第一个美术学院的人文学院建设，有着更为准确的把握。他说，我们的人文学院理应与综合性大学、文科大学如北大、清华的人文学院以文本中心的研究系统应有所不同。我们要发挥自身的特色与特长，构建中国的人文图象谱系，其核心是艺术史，但要扩大外延，特别是对思想观念的研究，建成国内第一个以图像为中心的多元化的人文研究与教学机构。 　尹吉男认为，无论是思想史还是文化史，传统的研究都是以文字线索为主，注重文字纪录而不重视图。而作为艺术史研究则偏重书画鉴定，真伪鉴别。他指出，在进入读图时代的今天，纵观世界思想文化乃至艺术史的研究，从图象的视角重新观照历史，已成为一种新的方法。图象的重要性越来越凸显出来，成为一种时代的追求。他指出，就国内而言，这些前沿学科还不被理解。既要建立艺术史图象的谱系，又要建立文化史和思想史的图像谱系，这将是中央美术学院人文学院今后研究的重点。

尹吉男介绍说，去年10月挂牌的中央美院人文学院主要包括美术史学系、美术教育学系、艺术管理系（筹）、文化遗产学系（筹）和人文社科基础部，其中艺术管理专业和文化遗产学专业为新设专业，这两个新设专业将为国内的美术馆、博物馆、画廊、拍卖行和文化管理单位培养实用的专业人才。

尹吉男指出，人文学院主要是在1957年组建的国内第一个美术史系的基础上建立的，过去的优势在于对卷轴书画、石窟艺术等传统艺术史的研究，对欧美主流之外的全球艺术史的研究很不够。对非洲近百年的艺术史所知甚少，对欧美主流艺术之外的北欧当代艺术也不了解，甚至对我们的近邻韩国知道得更少。现如今，我们对拉丁美洲艺术史有一些了解和研究，但尚未进入国别艺术史的研究。

尹吉男说，我们的学科建设，不仅是艺术史，而是把思想史、文化史、艺术史融为一体，不人为划界。目的是知识创新，通过这种多学科的融合、撞击，创新我们的知识体系。因为我们的教师和研究人员，是知识分子，知识分子就应该是生产新知识的人。同时，要把这些新知识传授给学生，传播到社会上去。

尹吉男对学院的构想，也是他身体力行多年的努力方向。读大学本科时，1981年，他就到山东和苏北考察汉画像石，历时半年；研究生阶段，在目鉴方面下了很深工夫，看了6万多件国内主要博物馆所藏极品文物，每天至少看上百件。他说，那时梦中都是画。终成国内中青年一代鉴定专家的代表性人物。1993年破格提升为副教授，1993、1994年为国家文物局带了两拨研究生，现都成了业务骨干。

术业有专攻，事业有成就的尹吉男，又成为文艺批评的重要人物，文艺批评专著《独自叩门》、《后娘主义》，都在中国的文艺批评领域产生了重要的影响。对此，他说，把多年训练出来的对图象的敏感，审美及其经验和反映为美学理念的文化批判甚至广告片的理念都结合了起来，互相促进，融会贯通，才成就了今天的成功。相信，他也会把自己的成功经验带给学院，带出一批批成功的人才。