2020年，尼尔·弗格森于疫情在英国暴发初期就建议政府采取严格的防控措施，最终使得英政府放弃“群体免疫”路线转而积极抗疫，而他本人也在此次疫情中被感染。

2020年5月5日，据英国媒体报道，英国政府紧急情况科学咨询小组成员、英国帝国理工学院流行病学家尼尔·弗格森因违反了英政府的隔离规定而辞去了他在该咨询小组的职务。