B - 轻铁 - 屯门 轻铁 - 屯门、锦华商场、屯门时代广场、大会堂、屯门政府合署、屯门法院、屯门公园、屯门市广场 设有升降机及失明人士引导径往返轻铁月台及地面

C - 河傍街

C1 - 河傍街、天主教赎世主堂、杯渡路、新墟、屯门乡事会路 设有升降机及失明人士引导径往返地面

F - 轻铁 - 河田

F1 - 工业区、建丰街、建荣街、震寰路 设有斜道、升降机及失明人士引导径往返地面

F2 - 轻铁 - 河田、卓尔居、工业区、新墟、新墟街市、学童牙科诊所、大兴花园、震寰路、屯门诊疗所、屯门乡事会路、仁爱堂

屯门站是屯马线的上行总站，乘客可在此乘坐往乌溪沙列车，往返九龙及新界等地。乘客也可以乘坐轻铁前往元朗、天水围、屯门码头等地

由于屯门站是轻铁的转乘车站，再加上邻近屯门区主要地点（如：新墟、屯门市中心、屯门公园等），因此由早到晚有不少乘客使用本站，为屯马线使用率第二的车站（最高为天水围站）。

铁路

轻铁屯门站、河田站（八达通、屯马线全月通、屯马线全日通及新界 全日通免费转乘优惠）

巴士

港铁巴士：

K51 - 富泰 ↔ 大榄（八达通、屯马线全月通、屯马线全日通及新界全日通免费转乘优惠）

K52 - 屯门站 ↔ 龙鼓滩（八达通、屯马线全日通及新界全日通免费转乘优惠）

K53 - 屯门站 ↺ 扫管笏（只在平日繁忙时间提供服务）（八达通、屯马线全月通、屯马线全日通及新界全日通免费转乘优惠）

K58 - 富泰 ↔ 青山湾（只在平日繁忙时间提供服务）（八达通、屯马线全月通、屯马线全日通及新界全日通免费转乘优惠）

506 - 屯门码头 ↺ 友爱（八达通、屯马线全月通、屯马线全日通及新界全日通免费转乘优惠）

九巴：

59X - 屯门码头 ↔ 旺角东铁路站

59S - 屯门码头 → 旺角（西洋菜街）

61X - 屯门铁路站 ↔ 九龙城码头

66 - 大兴 ↔ 深水埗（钦州街）

66M - 大兴 ↔ 荃湾铁路站

263 - 屯门铁路站 ↔ 沙田铁路站

龙运:

A33 - 屯门铁路站↔香港国际机场(地面运输中心)

R33 - 迪士尼公共运输交汇处 ↔ 屯门铁路站

过海隧道巴士：

961 - 山景 ↔ 湾仔（会展） 屯门站的小巴总站

小巴

新界专线小巴：

40 - 小坑村 ↺ 友爱邨

42 - 青砖围 ↔ 屯门市中心

43 - 屯门新墟 ↺ 扫管笏

43A - 屯门新墟 ↔ 青榕台

43C - 屯门新墟 ↺ 兆麟苑

44A - 屯门站 ↔ 上水站

44B - 落马洲转车站/落马洲管制站 ↺ 屯门站

45 - 大兴花园 ↔ 屯门市中心（八达通转乘优惠）

46 - 富泰 ↔ 屯门市中心

46A - 景峰豪庭 ↺ 屯门市中心

142 - 屯门市中心 ↺ 杨青路

（由2009年8月16号开始）