1937年，抗战全面爆发，设在济南的国立山东大学农学院沦入日伪之手。

1946年1月，国立山东大学在青岛复校，成立包括农学院在内的5个学院，国立山东大学农学院设园艺系、园艺系、水产系，并在青岛城阳区设立农场。

1950年，国立山东大学农学院增设病虫害系。

1951年3月15日，国立山东大学与华东大学合并，在青岛组建新的山东大学，设山东大学农学院，下设农艺系、园艺系、病虫害系。

1947年9月，山东省政府在济南原山东公立农业专门学校旧址创办山东省立农学院，设农艺、林学、园艺三个系。

1948年10月，设有农科等学科的山东省立济南农业职业学校合并至山东省立农学院。

1948年12月，开设作物栽培等课程的青州农业专科学校合并至山东省立农学院。

1950年10月，山东省立农学院更名为山东农学院，设山东农学院农学系。

1952年10月8日，经全国院系调整，原山东农学院、山东大学农学院、齐鲁大学农业专科等合并成立新的山东农学院，设山东农学院农学系。

1958年10月，山东农学院农学系随山东农学院由济南市搬迁至泰安市办学。

1965年，山东农学院土壤学与农业化学系、植物保护系并入农学系。

1977年，经山东省教委批准，山东农学院土壤学与农业化学系、植物保护系脱离农学系恢复独立设置。

1983年9月，经山东省人民政府批准，山东农学院更名为山东农业大学。山东农学院农学系更名为山东农业大学农系。

2000年12月12日，山东农业大学在原农学系的基础上组建山东农业大学农学院。

截至2024年7月，山东农业大学农学院拥有全国重点实验室1个，农业部重点实验室2个，山东省高校重点实验室1个，山东省合作研究中心1个，农业部技术创新中心1个，国家级中试和产业化基地1个，国家小麦改良中心分中心1个、农业部品质检验监督检测中心1个、山东协同创新中心1个。

全国重点实验室：山东农业大学作物生物学国家重点实验室

农业部重点实验室：农业部作物生理生态与耕作综合重点实验室、农业部作物水分生理与抗旱种质改良重点实验室

山东省高校重点实验室：山东省高校作物生理生态重点实验室

山东省合作研究中心：山东省中美麦类作物合作研究中心

农业部技术创新中心：黄淮海区域玉米技术创新中心

国家级中试和产业化基地：国家黄淮海转基因小麦中试和产业化基地

国家小麦改良中心分中心：国家小麦改良中心山东泰安分中心

农业部品质检验监督检测中心：农业部谷物品质检验监督检测中心

山东省协同创新中心：山东小麦玉米周年高产高效生产协同创新中心

据2023年7月学院官网数据，山东农业大学农学院先后获省部级以上各类成果奖80多项，其中国家技术发明一等奖1项，国家科技进步二等奖10项，霍英东青年教师奖2项，何梁何利基金奖3项，中华农业英才奖1项。“十一五规划”以后，山东农业大学农学院先后承担各级各类科研课题734项，立项经费达5.81亿元；主持2项国际合作与交流项目；发表学术论文1806篇，其中SCI收录587篇；出版专著26部；审定小麦、玉米、花生、棉花等新品种58个，获新品种保护权45项。

据2023年7月学院官网数据，山东农业大学农学院下设3个系，开设4个本科专业。

系：植物科学与信息系、植物遗传育种系、种子科学与工程系

本科专业：农学、植物科学与技术、种子科学与工程、中药资源与开发

截至2023年6月23日，山东农业大学农学院有博士后科研流动站1个，学术学位一级学科博士点1个，学术学位二级学科博士点4个，学术学位一级学科硕士点1个，学术学位二级学科硕士点3个，专业硕士学位领域授权点1个；有国家级重点学科1个，农业部重点学科1个，山东省重点学科2个。

博士后科研流动站：作物学

学术学位一级学科博士点：作物学

学术学位二级学科博士点：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、种子科学与技术、植物资源学

学术学位一级学科硕士点：作物学

学术学位二级学科硕士点：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、种子科学与技术

专业硕士学位授权领域：农艺与种业

国家级重点学科：作物栽培学与耕作学

农业部重点学科：作物栽培学与耕作学

山东省重点学科：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学

截至2023年6月23日，山东农业大学农学院有教职工122人，其中专任教师92人（教授39人，副教授42人，讲师11人）。有中国工程院院士1人，国家级杰出专业技术人才1人，国家“百千万人才工程”2人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，国家级重点人才工程青年项目入选者1人，国家“神农青年英才”2人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家5人、实验站站长1人，国家级教学团队1个，全国和山东省高校黄大年式教师团队1个，教育部“长江学者奖励计划”青年学者1人，泰山学者系列人才14人，山东省有突出贡献的中青年专家5人，山东省现代农业产业技术体系首席专家3人、岗位专家8人。

中国工程院院士：于振文（专职）

国家级杰出专业技术人才：付道林

“长江学者奖励计划”青年学者：王宏伟

国家“百千万人才工程”：董树亭、付道林

泰山学者优势特色学科人才团队：作物学教育团队

泰山学者攀登计划专家：孔令让、李平华

泰山学者特聘专家：陈翠霞

泰山学者产业领军人才工程专家：王振林、万勇善、刘鹏、李斯深、胥倩

泰山学者青年专家：曾范昌、吴佳洁、王宏伟、张大健、石玉、孙思龙

山东省有突出贡献中青年专家：董树亭、田奇卓、万勇善、刘风珍、张吉旺

国家级教学团队：农学

山东农业大学农学院创立了三段培养（课堂教学、实践教学、生产实习相结合）、三结合教学体制，三位一体人才培养模式（知识、能力、素质），三田两地一课堂实践教学模式。

据2023年7月学院官网数据，山东农业大学农学院有国家级一流本科专业建设点2个，国家级特色专业2个；有国家级实验教学示范中心1个。

国家级一流本科专业：农学、种子科学与技术

国家级特色专业：农学、植物科学与技术

国家级实验教学示范中心：农业科学实验教学国家级实验教学示范中心

截至2023年4月12日，山东农业大学农学院获国家级教学成果特等奖1项，国家级教学成果一等奖1项。

国家级教学成果特等奖：“三段培养”模式

国家级教学成果一等奖：“三位一体”人才培养模式

农学精神：敢于争先 勇于实践 善于合作 乐于奉献

山东农业大学农学院院风：团结 求实 进取 奉献

山东农业大学农学院学生会设置主席团及办公室、组织管理部、学业发展部、权益维护部、文体活动部、宣传调研部共7个部门。

截至2023年3月21日，山东农业大学农学院共有4个学生社团，涵盖农业科技，体育，演讲，心理健康多个方面，满足学生全方面兴趣爱好，让学生在活动中发现多方面的兴趣、能力及创造力，从而更加自如地应对工作学习生活。

据2023年7月学院官网数据，山东农业大学农学院先后培养了培养本科生11000余人，专科生900余人，研究生1800余人，博士后出站100余人。其中有中国科学院院士2名、中国工程院院士2名；厅局级以上干部50余人，其中省部级干部4名。