县域发展研究院的发展定位是：通过开展各项应用科学研究，解决中国县域发展中急需解决的重大和关键性问题，为县域政府和相关企事业单位的发展提供咨询信息、咨询、决策和管理服务，争创全国一流的智库；通过深入挖掘县域发展数据，推动高水平的理论研究，占领县域发展研究的学术高地。研究院下设三个研究中心，分别为城乡一体化研究中心、产业转型升级研究中心和县域法治研究中心。