1884年 (光绪十年、明治十七年) 晋陆军大佐，1890年晋少将。1894年任近卫师团第二旅团长。1895年4月率部侵入辽东半岛。《马关条约》割台后，于6月下旬调往台湾。7月上旬在基隆港登陆，进驻台北。不久率军南下，先后攻取龙潭陂、牛栏河、太姑等地。8月又率军进攻彰化东北的八封山，遭到台湾义军的顽强抵抗，伤亡惨重。由于义军兵力单薄，武器顽劣，八封山被攻占。此后，山根又指挥军队猛攻彰化城，日军破城后对无辜百姓进行野蛮屠杀。同年9月29日被抗日武装击伤后不治身亡。