1936年8月，调为陆军省军务局课员，二·二六事件军法会议调查员。展开对外国大使馆的窃听和邮政检查，假钞票制造的研究等谍报活动。同年向参谋本部提交「谍报，谋略的科学化」的意见书。 日本陆军对他的建议有很大的兴趣，下达第一次秘密战业务推进令。1937年8月晋升步兵中佐，同年11月调入新设参谋本部第八课，俗称“谋略课”的主任科员，那时的课长就是有名的特务影佐桢昭，一起秘密研究成立汪精卫政府计划。同年在陆军省创办了秘密警务联络班这个地下机构，1938年他还与秋草俊，福本龟治一起创办了“陆军中野学校”这所极为有名的专门培训特工人员的学校。在这里开设尾随，化装策略，开锁，柔术等间谍培训课目，还讲授民族政策。同年3月，调为军务局军事课，掌管高级课员补任和国防国策的设定。他成功他说服关东军首脑，允许5000 多名从希特勒那里逃出来的犹太人在满洲避难。他对关东军首脑说，没有一个真正的日本人会否认，日本欠犹大人一笔债，在日俄战争中犹太人雅各布·希夫的库恩—洛布股份有限公司曾资助日本作战。经历过日俄战争的东条英机终于被他说服。 1939年2月升为军事课长，晋升步兵大佐。进行陆军的兵器行政的大改革。在科学研究所下设立兵器行政本部，成立10技术研究所。其中第9所研究的是所谓杀人光线的电波武器。 据说从护照到伪币不管什么都制作。伪造15亿法币扰乱中国战时经历也是从这出来的。任中，还设置了以辰巳荣一少佐为首的总力战研究所，陆军装甲本部的，日德意三国同盟工作的缔结促进，航空军备的扩张等的，由此得名「谋略岩畔」。还有同年4月，三井，三菱，成立用大仓财阀的出资满洲军需国策公司----昭和通商，作为商社把来自营业机构和外国的信息收集分类整理，是无数说商人，军人，官员，学者，记者，运动员的直接情报总部。堀三也、大岸赖好，竹内俊吉，五岛德次郎，关山义人，石田礼助都是这一伙的，冈正雄，河喜田二郎，今西锦司，儿玉誉士夫，许斐氏利等也被认为和昭和通商有关。因为昭和通商除了正常的商社业务以外，也暗地里经营鸦片贸易，其活动范围不仅仅是中国大陆，而是在全世界架设了特务网络组织。在诺门坎事件爆发之初，他坚决反对动用战略单位的师团，但陆军大臣板垣征四郎没有听他的。在军队内部他是奇袭念新加坡奇袭的倡导者。「大东亚共同繁荣圈」这个词也是他和堀场一雄发明出来的东西。1939年9月，成立了以秋丸次朗会计中佐为首的总力战的调查研究的机关。