横滨足球俱乐部于1999年成立，当时横滨市两大球会：横滨飞翼和横滨水手合并后的第二年，一些横滨飞翼的球迷不认为自己应该支持合并后的横滨水手，因为实际上飞翼已经解散，和横滨水手是横滨飞翼的同市死敌。所以，他们向公众募捐，与国际管理集团结盟，和集合横滨飞翼的球迷，成立了横滨Fulie体育会（Yokohama Fulie Sports Club）。然后他们仿效巴塞罗拿采用的社会学模式，在Fulie体育会下成立了横滨FC。这是日本首间由球迷拥有和经营的球会。