崀峨水库工程的实施建设为典型的“三边”工程，从工程开工兴建到完工，施工周期长达10年，坝体土质结构较复杂，加上当时施工技术落后，使工程存在不同程度的质量问题，水库一直带病运行，经过40余年运行后，工程病害严重，后坝坡发生大面积渗漏，坝趾无倒滤排水设施，浸润线高，后坝坡发生蠕动变形等险情。2003年4月，永胜县水务局委托昆明市水利水电勘测设计院完成了《崀峨水库大坝安全鉴定报告》，通过水利部大坝管理中心专家评审后，水利厅以云水农〔2003〕112号文批复崀峨水库为病险水库，综合评定大坝为三类坝。2003年9月，由昆明市水利水电勘测设计院完成了《崀峨水库除险加固工程初步设计报告》，2003年12月省计委、省水利厅以云水规计〔2003〕120号文，对永胜县崀峨水库除险加固工程初步设计进行批复，审定工程总投资2233.12万元，施工工期15个月。工程于2005年5月20日开工建设，2008年2月28日完工，历时1152天，完成投资1805.18万元。工程建设内容为坝体除险加固、改造加固泄洪输水涵洞、增设大坝安全监测设施及水文测报系统、房屋建筑工程、水土保持工程、引水渠控制闸工程、施工导流工程。