该堂为私立慈善团体，成立于清嘉庆二年（1797），原名恤厘局，于清朝嘉庆嘉庆二年（1797）由金襄等人在南京劝募设立。清同治四年（1865年）改称崇善堂,堂址设城南金沙井32 号。1929年向南京市政府社会员办理注册手续，领取了执照。南京沦陷前夕，崇善堂迁入难民区，开始从事设诊送药、施米、冬赈等救济难民工作。由于大批南京同胞惨遭日军屠杀，尸横遍地，便组织了“崇字掩埋队”，自1937年12月26日至1938年5月1日，从事掩埋尸体的工作。

当时堂长为周一渔。该堂于战后呈送给审判战犯军事法庭的埋尸统计表中记载：1937 年12 月下旬至1938 年5 月l 日，组织“崇字掩埋队”，堂长周一渔亲任队长，共于城区收埋尸体7548 具，乡区收尸104718 具。