兴隆沙，在永隆沙以东，也是由江心暗沙逐渐淤涨形成的沙岛，1976年该岛涨出。1990年代该岛岸线长23.38公里，陆域面积12.18平方公里（1990年代），海涂面积23.89平方公里。1980年围垦2000亩，1985年建兴隆良种场，至1991年共围垦17200亩，作物种类基本与永隆沙类似。1990年代时建置兴隆镇。

唐武德年间露出长江水面，初为西沙、东沙两沙洲，北宋时期东沙西北续涨姚刘沙、三沙。以后修建江海堤防，岸线乃趋稳定。明末清初平洋、西阜、平安等沙岛先后与本岛相连成一岛。

据史载，14世纪后半叶至16世纪，崇明岛历经沧桑之变，岛岸涨坍无定，曾迫使县治五迁其地。至21世纪初，崇明岛四周已建成高8米，顶宽5米，长达200余公里的环岛大堤，并筑有200余道丁字坝，以阻止南岸坍蚀，而东、北方滩地仍在继续淤涨，其中东滩每年以100余米的速度向东海推进，为上海市提供丰富的土地资源。岛北长江口北支水道日益淤浅，崇明岛逐渐向江苏省启东市、海门市靠拢。

崇明岛是新长江三角洲发育过程中的产物，它的原处是长江口外浅海。长江奔泻东下，流入河口地区时，由于比降减小，流速变缓等原因，所挟大量泥沙于此逐渐沉积。一面在长江口南北岸造成滨海平原，一面又在江中形成星罗棋布的河口沙洲。这样一来，崇明岛便逐渐成为一个典型的河口沙岛。它从露出水面到最后形成大岛，经历了千余年的涨坍变化。

618～626年（唐武德年间），在东布洲（今吕四一带）南面水中涨出两个沙洲。两洲隔水70余里，时名东沙、西沙（又名顾俊沙），这就是岛的前身。1025年（宋天圣三年），于东沙西北续涨姚刘沙（因姚、刘两姓先居而得名），并与东沙接壤。1101年（宋建中靖国元年），姚刘沙西北隔水50里处涨出三沙（因三次叠涨而成，故名；又说因句容朱、陈、张三姓先居而得名）。

1271～1368年（元朝），先后涨出营前沙、马驮沙、张蒲沙等10余沙。元末明初，东沙坍没，西沙坍存无几，三沙北涨，姚刘沙南坍北涨，渐与三沙连壤。1399～1644年（明建文初年至明末）先后涨出马鞍沙、陈恩沙、高明沙、小阴沙、长沙、袁家沙、响沙、高头沙等30余沙。1522～1722年（明嘉靖初年至清康熙末年），诸沙涨坍频繁。姚刘沙与三沙坍没，西沙、陈恩沙、樊濂沙等先后陷于水，平洋沙先大涨而后大坍，而长沙却与坍存之平洋沙和周围的袁家沙、吴家沙、响沙、南沙诸沙涨连成片。1644年左右（明末清初），崇明岛在涨中连成东起高头沙、西至平洋沙，长200里、宽40里的一个大岛。

1644～1722年（清顺治、康熙年间），又涨出日隆沙、永安沙、平安沙、东三沙等30余沙。

清末，全岛上已有长沙、响沙、吴家沙、新灶沙、日兴沙、日旺沙、永丰沙、永隆沙、永福沙、沈阜沙、终兴沙、仙景沙、永宁沙、龙珠沙、洪勋沙、永盛沙、利民沙、箔沙、高头沙、七滧小阴沙、向阳沙、永寿沙、东旺沙、小团沙、烂沙、孙家沙、东大阜沙、长安沙、协安沙、袁家沙、太平日隆沙、永安沙、胁里沙、永庆沙、新镇沙、定成沙、保定沙、平安沙、日升沙、南沙、满洋沙、长兴沙、协兴沙、北沙、永旺沙、杨家沙、惠安沙、永兴沙、日盈沙、连珠沙、西庆升沙、南连升沙、北连升沙、永泰沙、永昌沙、协旺沙、固安沙、合隆沙、定安沙、永定沙等60处。

崇明岛的发展演变，千余年来，经历了无数沙洲涨坍。

东沙于618～626年（唐武德年间）露出水面。位置在东布洲（今吕四一带）南面江中，东临大海，西涉江至太仓洲，南涉江至吴淞港，东南到佘山，西南涉江到嘉定县，西北涉江为狼山。1025年（宋天圣三年），东沙与新涨成的姚刘沙接壤，元末明初坍没。对照今图，东沙的一部分约在今向化乡六滧大队和汲浜乡滧西、七滧、滧南村一带。

西沙呈带状，与东沙同时露出水面，它在东沙的西面，与东沙隔水70余里。南与常熟、太仓、嘉定隔水20余里。沙洲上旧有平等、道安、释乐3村。五代初置崇明镇于此。元末明初始坍，1506～1521年（明正德年间）仅存道安一村。该沙在明正德时涨出之长沙（今县城所在地）东南一水之隔处。对照今图，其位置约在今城桥镇南门外三四里处的江中。

姚刘沙于1025年（宋天圣三年）左右露出水面，与东沙北部接壤。初为盐场，1277年（元至元十四年）在该沙建崇明州城。以后该沙不断南坍北涨，1506～1521年（明正德年间）与西北三沙连成一片。1550年（明嘉靖二十九年）左右坍没。对照今图，其位置约在今前进农场、富民农场至启东县西南一带。

三沙于1101年（宋建中靖国元年）左右露出水面，位于姚刘沙西北隔水50里。1506～1521年（明正德年间），与姚刘沙涨连。1529年（明嘉靖八年），县城曾迁移三沙马家浜。1550年（明嘉靖二十九年）三沙始坍。至1662年（清康熙元年）左右已无存。对照今图，其位置约在今三沙洪一带。

平洋沙涨于明建文中。1507年（明正德二年）定名为平洋沙，在三沙西南，隔水30余里，南与白茆港隔水相望。1553年（明嘉靖三十二年）县城四迁于此。1583年（明万历十一年）平洋沙始坍，而后，坍存部分渐与长沙接壤。对照今图，其位置约在今三星乡以西直至海门县三和镇一带。

长沙于1506～1521年（明正德年间）露出水面，在姚刘沙西南，隔水60余里，平洋沙东南。该沙成陆后，位置基本未产生过迁移，大致在今城桥镇周围一带。1583～1588年（明万历十一年至十六年），县城五迁于此。而后，渐与万历中涨出的吴家沙、袁家沙、响沙等连成一片，开始形成大岛。

崇明岛由长江下泄的大量泥沙在江海交互作用下不断加积而形成。岛内地势坦荡，遍遍被第四纪疏松地层所掩覆。

经钻探揭示，在三四百米疏松沉积层下面，埋藏着坚硬的基底岩系，其中最老的地层为紫红色石英砂岩、灰黑色粉砂质泥岩等，主要分布在岛的西北部庙镇至草棚镇一带；其余地区则被侏罗纪上统中酸性火山熔岩和火山碎屑岩所占据。

本岛新构造单元隶属于江苏滨海拗陷南缘。自晚第三纪以来，新构造运动以持续沉降为其特点。因此，岛内沉积了厚层（最厚达480米）的新第三纪和第四纪地层。

新第三纪地层，岩性以灰绿色粘土、亚粘土与砂砾石为互层，并夹有弱胶结的薄层钙质砂岩和铁质砂岩，均是陆相堆积。层厚60～130米。

第四纪地层，堆积厚度可达320～350米。且自下而上，海相性明显趋于增强，而陆相性则趋于减弱。纵观第四纪不同地质历史时期的沉积地层，其岩性、岩相特征基本如下：

下更新统：褐黄色杂蓝灰色粘土、亚粘土与黄灰、灰白色砂砾层间互，发育网纹状、杂斑状构造，且具硬塑性。粘性土内遍含钙质、铁锰质结核，以陆相堆积为主。底界埋深320～350米。

中更新统：蓝灰色、灰褐色粘土、亚粘土与含砾中粗砂、中细砂互层，具软塑性，含螺壳碎片及少量微体古生物化石。反映当时的沉积环境为河口滨海——河湖相。底界埋深150米左右。

上更新统：灰、灰褐色或蓝灰色亚粘土，与含砾中粗砂、细砂互层。含砾砂结构松散，亚粘土具软塑性。贝壳化石和微体古生物化石无论是种属和数量都有所增加，沉积相以滨海——滨岸浅海相为主，并间夹河湖相沉积地层。底界埋深100米左右。

由于古长江水系在大理冰期低海面时强烈的下切和冲蚀作用，全岛缺失上更新统顶部的暗绿色硬粘土层。

全新统为冰后期沉积。其下部岩性以灰黑色粘土、亚粘土或亚砂土、细粉砂互层，多含泥钙质结核和腐植物碎屑；中部为褐灰、灰黑色淤泥质粘土、亚粘土夹薄层粉砂；上部则为黄灰、灰色亚粘土、亚粘土夹粉砂，多铁锰质结核和斑点。全新世地层为距今1万年以来的滨岸浅海——河口滨海相或三角洲沉积。底界埋深一般在45～62米。

崇明基底岩石断裂构造亦较发育，大致以NE——NEE向（北东——北东东向）和NW向（北西向）断裂较常见。NE——NEE向构造主要为陈家镇断裂、城桥镇——新光断裂、江口断裂、沙溪——吕四断裂；NW向构造为三星——新光断裂等，其中以陈家镇断裂和沙溪——吕四断裂规模较大。岩浆活动仅在堡镇——新开河一带见有燕山期红色中粗粒全晶质花岗岩分布，其面积达70余平方公里。

崇明岛地势坦荡低平，岛上无山岗丘陵。地面高程标高3.21—4.20米（以吴淞为0米）占总耕地的90.65％；低洼地标高在3.20米以下，占总耕地的3.48％；高亢地标高在4.21米以上，占总耕地的5.87％。海堤和河岸两旁堆叠土标高则在6.0米以上，占总面积的1.38％。

岛上地形总趋势是西北部和中部稍高，西南部和东部略低。新村乡、新海农场北部、红星农场南部、长征农场东部、长江农场中部、永隆沙、虹桥垦区、建设乡中部和北部、新民乡东北和东南部、大新乡北部、竖河乡中部和东北部、大同乡东南部、东平河口两侧、港沿乡北部及五滧乡中部等地区，地面标高均在4米以上。界河口两侧、鸽龙港北口西侧、东平河河口东侧，部分地面标高超过4.5米。海桥、合作、三星乡北部和西南部、庙镇乡、江口乡南部、小竖河两侧、城桥乡东北部和南部、鳌山乡南部、向化乡东北部、汲浜乡西北部、裕安陈家镇两乡东南部、前哨农场、陈家镇乡和五滧垦区的地面标高在3.5米以下。地面标高3.2米以下的低洼地区分布在裕安乡北部、张网港口两侧，局部洼地地面标高低于3.0米。

崇明岛位于长江口，每日有昼夜两次潮汐。解放前的最高潮位为5.7米，发生在1905年（清光绪三十一年）农历八月初三。1955～1984年，堡镇站最高潮位为5.67米；1964～1984年，南门站最高潮位为5.80米。两次最高潮位均出现在1981年9月1日（农历八月初四），两站潮位差13厘米（两地相距22.5公里）。

1955～1984年，堡镇站最低潮位为-0.19米，1964～1984年，南门站最低潮位为-0.28米，两次最低潮位均出现在1969年4月5日（二月十九日）。

涨潮潮差：1955～1984年，堡镇站为2.33～2.63米，最大潮差4.45米，最小潮差0.20米，均出现在1972年。1964～1984年，南门站为2.29～2.54米，最大潮差4.62米，最小潮差0.18米，分别出现在1984年和1972年。

落潮潮差：1955～1984年，堡镇站为2.33～2.65米，最大潮差4.67米，最小潮差0.04米，分别出现在1984和1968年。1964～1984年，南门站为2.32～2.54米，最大潮差4.85米，最小潮差0.02米，分别出现在1984和1969年。

全年降水径流量加上长江引潮量，丰水年可获得淡水27.78亿立方米，平水年有26.56亿立方米，枯水年有25.81亿立方米，特枯年也有25.01亿立方米。农业、副业、工业生产和人民生活用水，丰水年只需4.133亿立方米，平水年需4.753亿立方米，枯水年需5.693亿立方米，因此，水资源富足有余。每年11月至次年4月，当长江大通站（安徽省铜陵以西）下泄流量低于每秒1万立方米时，咸潮上溯，无法引潮灌溉。

崇明岛的水道历来有洪、港、滧、河、沟五种。两沙之间流水，日久渐狭，因势利导成渠的称洪；入江海之口，有潮汐涨落，可泊舟船的称港或滧。在两状交界处掘土成渠，以供蓄泄的称河；由乡民自开的田间水道称沟。

清康熙年间，全岛有各种水道66条。民国时期，岛上有通江干河80条（其中大多仅一端通江）。解放后，经水道整治，现有骨干河道32条，河线总长444.50公里。南横引河横贯全岛，全长78.51公里，北横引河全长37.8公里。30条南北向干河东西排列，贯穿引河，中有横河623条与之分别相交。两相邻干河间距约2公里，两相邻横河间距约1公里，另外，横河间还分布泯沟15080条，两相邻泯沟间距100米，纵横交错的水道组成了繁密的河网，密度为每公里河沟线长10.7公里。

地下水位较高，据1981～1983年测定，地下水位波动值在81.6～88厘米之间，平均为85.7厘米。受降水量影响，升降变幅较大。地下水在初夏梅雨季节和秋季阴雨季节为高位期。地下水位上升到离地面31～46厘米，与耕层渍水和地表水互相沟通，造成三水相连，往往会出现短暂性的农田涝渍现象。

土壤有水稻土、潮土和盐土3个土类，以及8个土属、35个土种。土壤耕作层厚度一般在3至5寸。3个土类呈东西伸展、南北排列的条带状分布。水稻土主要分布在海桥、三星、合作、庙镇、江口、港西、城桥等乡及鳌山、新河、竖河、堡镇、五滧、向化、汲浜、陈家镇等乡沿南横引河一线以南地区，占全县集体耕地的49.87％；潮土主要分布在绿华、港东、建设、新民、大新、港沿、合兴、裕安等乡及鳌山、竖河、堡镇、五滧、向化、汲浜、陈家镇等乡沿南横引河一线以北，占全县集体耕地的39.99％；盐土主要分布在西北至东北部沿江沿海一带，占全县集体耕地的10.14％。

土壤表层质地多轻壤、中壤，并常有深度不一的砂层，按表层质地分为黄泥（土）、僵黄泥（土）、黄夹砂（土）、砂夹黄（土）、砂土和滨海盐土。

除芦苇、关草、丝草等外，遍及全县的各种草类，也是一宗丰富的植物资源。它们长于河边路旁、岸坡、田间，不仅是畜禽的天然饲料，而且是宝贵的药材资源，其中可供药用的有百余种。草类主要有：马齿苋（别名五行草、长寿菜，俗称专诸草）、益母草（别名对月草、白花益母草）、苍耳草（别名卷耳、苓耳、常思菜、痴头婆、狗耳朵草）、佩兰（俗名兰草、大泽兰、孩儿菊、千金草、省头草）、泽漆草（俗名猫儿眼睛草、乳浆草、倒毒伞、一把伞、龙虎草、铁骨伞）等。

崇明岛地面高程3.2～4.4米，地势低平，土壤肥沃，气候温润，四季分明，阳光充足，属副热带季风气候，适宜种植水稻、三麦、玉米、棉花、油菜、蔬菜，附近水域是上海主要的水产捕捞基地之一。

野生动物有黄鼬、刺猬等。每逢春秋候鸟迁徙季节，成群鸟类在水草丰美的东滩停留觅食。国家级保护的野生珍稀动物有中华鲟、白鳍豚、江豚、黑鹳、白头鹤、大天鹅、小天鹅、雀鹰等。

岛地处江海之交，长江下泄泥沙在岛周围形成广阔的滩涂，此为本县得天独厚之处。1956到1984年共围垦612560.7亩。1984年，高程在0米以上的滩涂有42万余亩,其中在吴淞标高2米以上的20.55万亩,标高3.2米以上的13.6万亩,标高3.6米以上、已具备围垦条件的8万余亩。北部和东部泥沙淤涨迅速，滩涂面积较大。滩涂上繁殖生长石璜（土鸡）、螠蛏、蟛蜞、芦苇、关草、丝草、芦竹等动植物，蕴藏着较丰富的生物资源。尤其是螠蛏，蕴藏量极大。北沿大部分地区都有，仅北四滧至前哨农场东沿20公里一段，估计蕴藏量即达600吨，北八滧沿海螠蛏密度每平方米20～30个。

水产资源

崇明三面为长江渔场，东面紧靠吕四、嵊山和舟山等渔场。海洋水产有大黄鱼、小黄鱼、带鱼、鲳鱼、鳓鱼、墨鱼、海蜇、梭子蟹等，以带鱼和鲳鱼为主，虾、蟹及小杂鱼占比重也较大。长江水产以经济鱼类为多，主要有面丈鱼、刀鱼、凤鲚（籽鱼、凤尾鱼）、毛鲚（刀鱼的幼鱼）、河鳗、鲥鱼、鮠鱼、鲈鱼、鲻鱼以及蟹、白虾、青虾、蟹苗、鳗苗等。面丈鱼历史最高年产量8500担（1961年），最低年产量300担（1978年）。刀鱼年产量2000～3000担。凤鲚资源较稳定，最高年产量17300担（1978年），最低年产量4300担（1962年）。虾类年产量5000担左右，毛鲚年产量3500～4000担，蟹苗主要供国内22个省市养殖。鳗苗主要出口日本。

岛上河沟产有鲫鱼、河蟹、河虾及其他杂鱼。

崇明的前身——东、西两沙于唐初露出水面，696年（唐万岁通天元年）始有人居住。约在五代初设镇。1222年（南宋嘉定十五年）在三沙设天赐盐场，隶通州，1277年（元至元十四年）升场为州，始筑州城于姚刘沙，隶扬州路，1369年（明洪武二年）降州为县，先隶扬州，后改隶苏州府，兼隶太仓州；民国期间，先后隶属江苏南通、松江（沦陷期间曾隶上海特别市），解放后先隶江苏南通专区，1958年12月1日改隶上海市。2016年7月22日，改崇明县为崇明区。

永隆沙，1970年代前江苏省海门县居民聚居而称永隆镇（非建置镇），1993年3月，时海门县（1994年改市，2020年改区）在永隆沙建立了海永乡人民政府。兴隆沙，原为启东县农业良种繁育场属地，聚居地称兴隆镇，1992年建启东市（1990年县改市）设立启隆乡。

2015年，江苏省撤销启东市启隆乡，以原启隆乡行政区域设立启隆镇，镇政府驻永兴街262号。撤销海门市海永乡，以原海永乡行政区域设立海永镇，镇政府驻海长路68号。行政区划调整后，启东市启隆镇行政区域面积46.8平方公里，人口3857人，辖2个居委会。海门市海永镇行政区域面积13.9平方公里，人口5400人，辖1个居委会、2个村委会。

永隆沙，1865年（清同治四年）露出水面，1920年坍失，1937年前后又涨出。位于合隆沙东北，东起张涨港，西至推虾港，东西长约16公里。该沙露出水面后，崇明县即有人前往种青和收割芦草。解放前夕，启东县也有人过江到该沙北部从事同样生产。1956年起，永隆沙不断北坍南涨，日益向本岛靠拢。1965年与本岛仅隔一条800米宽的泓槽，离启东三和港则有4500米。1968年，启东、海门两县派人过江，在永隆沙围地27000余亩。1972年，永隆沙与崇明岛涨连。1978年，崇明县因启东、海门在永隆沙围垦后，鸽龙港向北排水受堵，独资于永隆沙建造北鸽龙港水闸。建闸后，海门县提出要本县补偿开河建闸损失的100亩土地。1981年，上海市补助海门县60万元，在鸽龙港两侧建丁坝6道。永隆沙西北部11000亩土地现被海门农场占用，东部16000亩土地被启东五七农场占用。

黄瓜沙（兴隆沙），位于永隆沙以东、长江北支深泓以南江中，1970年代初露出水面。该沙东西狭长，形似黄瓜，故名黄瓜沙。离崇明县虹桥垦区750至1000米，距启东县2000至3000米。0米以上高程滩地长约13公里，宽约1至3公里，总面积4万余亩。1976年，启东县前去种青。1978年，崇明、启东两县在该沙种青时，为归属发生争执。1979年初，启东县派员来崇磋商归属问题，双方口头商定，两县均不上沙种育。但不久启东县又派人前往种植芦苇。秋，启东县委书记孙秉谦来崇，与崇明县县委书记沈杰继续协商，未果。1980年春，启东县到该沙围地2385亩。1981年6月20日，崇明县去电江苏省人民政府和南通专署，要求制止启东围垦，以免发生纠纷。6月26日，又向上海市政府报告，要求省、市协商划界，解决争端。9月9日，江苏省围垦指挥部电台南通地区水利局，谓“兴隆沙（即黄瓜沙）与有关方面有争议，决定将已下达该沙的补助工程（水闸一座）计划予以撤销”。1月，启东县仍到该沙建闸，并在1982年冬扩围。崇明县再次向江苏省水利厅报告，仍无结果。1983年2月12日，崇明县向国务院办公厅报告，要求解决崇明与启东在长江北支的界线问题。3月2日，国务院办公厅以（83）国办函字29号文件批复：“在长江北支，崇明岛和新淤出的土地，均归上海市管辖和经营，江苏、上海之间以江苏1990年代的陆地线为界。”但在1983和1984年，启东县仍两度在该沙扩围。

崇明地处咸淡水交汇处，水产资源十分丰富，尤以蟹苗和鳗苗最为珍贵。1974至1984年，为全国22个省市提供蟹苗169860.4斤，为外贸部门提供鳗苗12290斤。崇明紧靠吕四、佘山、嵊泗等渔场，水产品种逾百，主要经济鱼类有刀鲚、凤鲚、银鱼、鲻鱼、鲳鱼、鳓鱼、带鱼、达氏鲟以及虾、蟹、海蜇等。1984年捕捞量27.2万担，是1949年的10.9倍。崇明境内鱼塘密布，淡水精养鱼塘面积15127亩。1984年全县水产总量共34.1万担，崇明成为全国重点渔业县和上海市淡水鱼生产基地。

崇明滩涂广阔，1984年，吴淞地面标高零米以上有42万余亩。滩涂上盛产石璜、螠蛏、蟛蜞、芦苇、关草、丝草、芦竹。东部滩地是丹顶鹤、天鹅等珍稀候鸟的栖息地。1981年中日两国协定保护的227种鸟类中，本县可见132种。黄鼠狼是本县较重要的野生动物资源。1984年全县收购黄狼皮16331张。野生植物品种繁多，可供药用的就有百余种。

崇明古代居民多以渔樵为生。980年（宋太平兴国五年），曾为流放地，囚徒在此煮盐，盐业始起。1222年（宋嘉定十五年），姚刘沙和三沙均设有盐场，元朝时盐业仍十分兴旺。以后土质变淡，盐业渐衰。明清时期，农业、棉纺织业和沙船业成为崇明的主要经济支柱。沙船业盛时有近700艘沙船从事海运；棉纺业兴旺时，曾有“织机声彻夜相应”之说；农作物中，粮食作物有水稻、三麦（大麦、小麦、元麦）、玉米、三豆（蚕豆、赤豆、黄豆）等，经济作物有棉花、油菜、香料、中药材等，此外还有薯类、瓜果和蔬菜。崇明棉花纤维长、衣份高，现被列为生产出口纺织品的特级原料。2010年代始，崇明岛定位于“世界级生态岛建设”建设，主要以绿色农业、生态产业为主。

崇明岛雄据长江口，战略地位极为重要，历来为江海要镇，驻有重兵镇守。宋嘉定时设边海巡检司；明永乐中设水寨，始有水师；明总兵张名振、郑成功与清军喋血海上，崇明岛首当其冲。清代崇明县地方行政长官多为七品县令，而驻军首脑却是二品总兵。解放前夕，国民党驻崇部队有一师之多。

明嘉靖年间，倭寇频频犯境，屡遭本县兵民（又称沙兵）的痛击。崇明沙兵在抗倭战斗中，骁勇善战，威名远扬。1938年3月18日，日军侵崇后，本县人民在中国共产党领导下，进行了英勇不屈、前仆后继的抗日武装斗争。

1554年（明嘉靖三十三年）1月至5月，倭寇多次犯崇。5月7日夜，倭寇攻陷县城。知县唐一岑身先士卒，率军民与入城倭寇展开浴血巷战，终于将倭寇驱逐出城，唐一岑因伤重殉国。9日，大批倭寇又攻入城内，盘踞县署，并烧尽县署附近民宅。城中兵民拼死与倭寇搏斗，杀死倭寇200余名，迫使残寇败逃出城。

1659年（清顺治十六年）8月6日，明末名将郑成功率部自宁南退，来攻崇明。8日，郑派部将梁栋宇等至城下劝降。11日黎明，郑兵包围县城，用巨炮轰击，毁西北角城楼百余堞。接着，又填没护城河，架起云梯猛攻。郑军连续7次攻城，并在城楼与守城清军展开肉搏战，仍未攻克县城。14日，郑成功引兵南去。

解放后，本县广泛开展拥军爱民活动。驻军与人民相互支持，紧密配合，使崇明岛基本上形成了以永久性防御设施为骨干，驻军为主体，广大民兵密切配合的、较为全面的防御体系，成为东海前哨的一个坚强堡垒。

1949年9月，南门港恢复客运。1951年始筑县道支线。1954和1958年改建、拓宽陈海公路。1958年南横引河及配套支流开挖后，内河通航。同年，各公社成立运输站，开始兴筑乡镇公路。1967年，北沿公路筑成通车。1975年长江运输船舶基本实现运输机械化。1984年本县有南门、堡镇、三沙洪3个港区和其他货运码头41座。目前环岛公路已经建成，连通各重要集镇及农场。

陈海公路，是崇明岛上最长的干线公路，东起陈家镇，西至新海农场。1954年4月，驻崇部队在民工配合下铺筑陈家镇至堡镇路段碎砖路面，10月完成，全长22.3公里。1958年6月，集中民工13万人，改建堡镇至三星镇路段，铺筑碎砖路面，10月筑成，全长48.7公里。1963年11月，利用三星镇至新海农场原有路段，修筑碎石公路5.16公里。至此，东起陈家镇，西止新海农场的公路全部筑成，名陈海公路，全长76.16公里，成为横贯县境南部的交通干线。1969年至1984年间，先后拨款887.46万元，对陈海公路分期进行改建，包括路面结构的改造和路面的拓宽、部分路段的改道和截弯取直。同时改建桥梁26座，新建桥梁14座。1984年，陈海公路全长76.16公里，其中渣油路面68.01公里，路面宽6至10.5米；碎石路项8.15公里，路面宽3至5米。

北沿公路，东起牛棚镇，西止牛棚港，为横贯崇明岛境北部的县道干线公路，全长73公里，与陈海公路平行，东西两端相连，形成环岛公路。1965年，本县成立筑路工程指挥部，组织技术人员查勘定线。1966年3月至8月，先后完成土地征用、材料采运、铺筑路基、埋设涵管等工作。1967年8月，路面工程竣工，9月完成15座双曲拱桥的建造工程，9月17日全线通车，工程总投资424万元。1972年至1978年，全线改铺渣油路面。北沿公路的建成，对加强本县国防建设，沟通城乡交通，发展农垦事业起了很大作用。

崇明岛向南通过上海长江隧桥与上海市区连接，向北通过崇启长江大桥连接。承载线路为G40（沪陕高速公路）上海市段，为连接华东、华中与西北地区的主通道。南起上海浦东高东五号沟，向北越长江南支经崇明跨长江北支，至崇启长江大桥沪苏省界。分上海长江隧桥段（上海浦东高东五号沟—崇明陈家镇长江南支）和崇启通道段（崇明陈家镇—长江北支崇启长江大桥沪苏省界）两段建设。崇启通道全长约52公里，分为江苏段和上海段，其中上海段长为30.735公里。江苏段终于江苏省启东市汇龙镇，与已建成的宁启高速公路相接。上海段接线道路长28.52公里，长江大桥长2.48公里，江苏段长江大桥长4.67公里，接线道路长18.52公里。全线双向6车道，大桥于2008年8月1日奠基，同年12月26日上海段动工兴建，2009年2月28日江苏段开工建设。同年10月31日上海长江隧桥段通车。2011年12月24日，崇启通道段通车。

上海长江隧桥，位于上海市东部。自浦东接G1501（上海绕城高速公路），过长江南港水域，经长兴岛再过长江北港水域，止于崇明岛陈家镇，全长25.5公里。

南港上海长江隧道长8.95公里，西起上S20（外环高速公路）立交，穿越西南港水域，在长兴岛新开河处登陆。其中穿越水域部分为7.5公里。为上、下布局的双管隧道。单管内设三条车道，共双向6车道，设计时速为80公里/小时。

北港上海长江大桥工程连接长兴岛至崇明岛，全长16.55公里。按双向6车道高速公路标准设计，设计时速100公里/小时，并通过崇明岛内高速公路及长江北支跨江工程与江苏启东市相连，成为中国沿海大通道的一部分，为世界上最大的隧桥结合工程。交通部确定的国家重点公路建设规划中G40（沪陕高速公路）上海市境段重要组成部分。2004年12月动工兴建。2009年10月31日通车。

崇明四面环水，与岛外往来悉凭舟船。元代即同北方有海运贸易。明万历年间设官渡、民渡，有船与太仓、浏河等地对渡。崇明沙船是我国木帆船四大船型之一。1896年（清光绪二十二年），崇沪间始辟客轮航线。1927年岛内首办汽车客运。1929年兴筑公路后，汽车运输渐兴。1937年，全县有大小汽车30辆，以客运为主。

通航港口有南沿、北沿之分。解放时，南部沿江主要通航港口有海洪港、庙港、鸪港、施翘河、南门港、二条竖河、新河港、堡镇港、四滧港、六滧港、七滧港、奚家港；北部沿江主要通航港口有上白港、上小竖河、老滧港、湾港、相见港、富民港、北四滧。解放战争期间，国民党政府出于军事需要，除施翘河、新河港、堡镇港、湾港外，其余港口曾一度封闭。

解放初，港口大部恢复通航。1956年起经过兴修水利，整治河道，并港建闸，港口有所变动。1984年，本县南沿通航港口有新建港、庙港、鸽龙港、三沙洪、南门港、老滧港、东平河、新河港、堡镇新港、六滧港、奚家港11个港口，可通航60吨级至150吨级船舶；北沿通航港口有界河、鸽龙北港和堡镇北港3个港口，可通航60吨级至100吨级船舶。

南门港，位于崇明县南部长江边。因地处崇明县城南门外，故名。共有客运码头两座、货运码头3座。1972年在今址建客运码头，跑道长112米，宽6米，钢筋混凝土结构。趸船长60米，宽10米，钢质结构，可供双体客船靠泊，靠泊能力1000吨级。1986年新建候船室，售票楼，建筑面积2806平方米。1990年代新建客运码头1座，规模同前。货运码头2座：1966年建于砌立坡石码头1座，长100米，可供4艘百吨级船舶候潮停靠；1972年建海岸固定式钢筋混凝土结构码头1座，长64米，宽12米，两端各有跑道一条，可供千吨级货驳和海轮停靠。辟有至吴淞的客运航线和至石洞口、浏河的车客渡。年旅客流量约260万人次，货物吞吐量约37.2万吨，车辆流量为6.6万辆次。南门港客运始于清光绪二十二年（1896年）。光绪三十三年后，先后设有朝阳、大运、南阳轮埠。民国21年（1932年），大运轮埠改名天运轮埠。至民国33年，三个轮埠均废。1949年9月，在崇安路东侧建客货两用码头。1953年淤浅，客轮改泊崇安路口海军码头。1960年该码头淤浅，在南门港东侧另建钢筋混凝土结构的客货两用码头。1972年该码头改建为货运码头，在其东侧建新客运码头。

堡镇港，位于崇明县东部堡镇镇南。以镇名得名。初建于民国16年（1927年）。1974年建成的货运码头长77米，钢筋混凝土结构。年货物吞吐量约125万吨。1979年和1989年建成客运码头2座，有钢质趸船各长60米，靠泊能力均为1000吨级；客运大楼建筑面积3035平方米。辟有至吴淞、十六铺、石洞口的客运、车客渡航线。年客流量约250万人次，车流量4万余辆次。

新河港，位于崇明县中部新河港闸外。以河流名得名。车客渡码头长160米，钢筋混凝土结构，靠泊能力500吨级。候船室建筑面积650平方米。与吴淞、石洞口通航。年客流量约19.2万人次，车流量7.2万辆次，货物吞吐量54.6万吨。初建于1964年，1988年改建成现状。

三沙洪港区，是崇明岛西部主要港区。1976年拨款307万元兴建，1978年10月建成。港区建有套闸1座，中孔高11米，宽12米，可通行300吨级船舶，闸桥上可行驶重型机动车辆。三沙洪港区航道和泊船区面宽100米，底宽80米，长800米，底深－0.5米。港区混凝土驳岸码头长400米，可靠泊10艘150吨级船舶，仓库建筑面积960平方米，货场为10000平方米，港区内泊船区经常保持2.5米水深，台风季节可同时容纳100艘船舶避风。1984年，港区置有起重吊车16台，皮带输送机15台和其他机械设备，1990年代年货物吞吐能力300至350万吨。

崇明岛上，渡口众多，历史较长，旧时有官渡、民渡之分。据明正德《崇明县志》载，当时已有津渡2处，渡船5艘，东渡自虾港至西沙新港，水路约70余里；西渡自西沙第五港至太仓浏河，约50余里。1603年（明万历三十一年）始设官渡，共有7处：南斜洪渡口有渡船2艘，一自施翘河至太仓南关，名长渡；一自南洪至刘家渡，名短渡。施翘河渡口可至七丫、浏河及本邑平洋、西阜、山前、大安4沙。双港渡口一至山前沙，一至大安沙。新开河、当沙头港、二滧渡口至吴淞江。王家港渡口一至横泾，一至白茆。清初张名振、郑成功进兵崇明时，仅开放施翘河，与七丫口对渡，其余渡口均关闭。1694年（清康熙三十三年）恢复通行。

1911年至1984年，本县先后设渡口29处。其中南沿渡口先后有海洪港、仓房港、庙港、鸪港、施翘河、南门港、二条竖河、新开河、堡镇港、四滧港、六滧港、七滧港12处，主要与上海、太仓、宝山、川沙、海门对渡；北沿渡口先后有上白港、上小竖河、老滧港、湾港、相见港、富民港、路港、合隆沙新开港、北推虾港、二海港、北四滧、北八滧、牛棚港、北鸽龙港、五·七农场、直河港、北堡港17处，主要与海门、启东对渡。南沿渡口于1973年全部废弃。1984年，北沿渡口有牛棚港、北鸽龙港、五·七农场、直河港和北堡港5处。

至1994年，主要渡口有：

牛棚港渡口，位于跃进农场北端，与江苏省海门市青龙港隔江相望。有混凝土结构的江岸码头1座，混凝土趸船1艘及候船室和其他用房，建筑面积800平方米；江岸跑道长25米，宽4米，码头跑道长16米，宽4米；候船室可供500名旅客候船。1989.年，在码头东侧建造车渡码头1座，引桥长260米，宽40米。渡口处设有饭店、旅馆，公交车可直达渡口。

五七农场渡口，位于长征农场北端永隆沙东部，与启东市三和港对渡。候潮航行，每日来回2班，建有候船室和售票房4间，候船室可供200名旅客候船。渡口处设有饭店、旅馆。

北鸽龙港渡口，位于长征农场北端永隆沙西部，与海门市灵甸港对渡。候潮航行，每日来回1班，建有候船室、售票房3间s候船室可供150名旅客候船，渡口处设有饭店、旅馆。

北堡港渡口，位于港沿乡北沿，与启东市三条港、吴仓港对渡。建有混凝土结构固定式码头1座，长10米，宽3.5米，渡口建400平方米候船室，可供300名旅客候船，候潮开航。每日来回1班。渡口设有饭店、旅馆。

新村渡口，1991年11月建造，位于界河闸外。码头长8.5米，宽4米，泊位1个，与江苏启东市大新港对渡，候潮航行，每日来回2班，渡口处设有饭店、旅馆。

新民渡口，1993年10月建造，位于北推虾港港口东侧。码头长8.5米，宽4米，与江苏启东市洪阳港对渡，候潮航行每日来回1班。

岛南南门港、堡镇港有定期班轮通上海市区，西北牛棚港有客轮通江苏海门市，交通方便。水上客运有崇明至上海，崇明至海门，崇明至启东3条航线。

崇沪之间，旧时以木帆船为主要载客工具。1896年（清光绪二十二年），首航汽船海珠号。1953年9月，崇沪线客运由上海轮船公司经营，1956年改由长江航运局上海分局经营，1958年由上海市轮渡公司经营，1966年改由上海市内河航运公司经营。1970年9月，第一艘双体客轮投入营运。双体客轮核定载客2000名，能抗8级风，航行平稳，客舱宽敞。1984年崇沪客运航线有3艘双体客轮常年行驶南门至吴淞和堡镇至吴淞，每日各两班。1984年5月，增开一班从南门至吴淞间的早晚班客轮。

崇海、崇启之间，明清时期，已有木帆船载客，自北沿渡口与海门、启东对渡。解放后曾先后辟13条航线。1970年前，该航线客远渡船均为机帆船，客位少，设备简陋。1970年后渡船更新，间有新渡轮投入营运。航线全长一般为20公里，也有长至45公里和短至10公里的。

2023年6月，入选“和美海岛”名单。