咸丰二年，擢湖北巡抚，时武昌方为贼踞，次年春，贼弃武汉东下，分扰江南、江西，崇纶始抵任。既而贼复上窜，陷兴国州田家镇，进黄州。崇纶疏言：“武汉民迁市绝，饷乏兵单。请移内就外，以剿为先。”未几，贼犯汉阳，窥武昌。总督吴文镕初至，与崇纶意相迕。及贼退，崇纶遂以闭城株守劾之。文宗虑两人不能和衷，且偾事，命文镕出剿，而责崇纶防守。文镕率师薄黄州，崇纶运输饷械不以时，惟促速战。

四年正月，文镕兵败，死之。崇纶自请出剿，谋脱身走避，文宗烛其隐，不许。会丁忧，青麟代之，仍命崇纶留湖北协防。又以病乞罢，上怒，褫其职。六月，武昌陷，崇纶先一日出走，径往陕西。及曾国藩论劾，命逮治。服毒自尽，以病故闻。