七七事变后他于8月底返回西安，十七师已开往华北前线。中共组织要他随即将赴山西与阎锡山谈判抗日的周恩来、彭德怀去太原，然后到八路军分配工作。到太原后南汉宸又通知他：继续跟随周、彭去保定看望十七师官兵，留在十七师工作。9月下旬周、彭离开保定不久，崔即随十七师参加了保定战役；10月，又在娘子关与日军血战15日。第十七师经此两战损失严重，奉命向西撤退。过盂县、阳泉，崔奉命向八路军一二○师、一二九师请求帮助；到太原市郊，崔又奉派入城，向周恩来请示部队行动方向。根据周恩来的“留在敌后，坚持游击战争”的指示，部队先开到临县碛口进行整补。在碛口，第十七师举办短训班，轮训排以上军官，崔为短训班教官。

1938年初，十七师西渡黄河，在陕北绥德补充休整，不久即奉命开赴山西洪洞集结待命。崔因照顾患病的孔祥祯，在陕滞留了一个多月。待他赶到洪洞县时，赵寿山命他去整顿战地服务团，并任团长。战地服务团由中共党员和抗日知识青年组成，办有《新军人》刊物和血花剧团，随军开展宣传鼓动和战地勤务活动。崔到任后经过整训，团员们抗日热情更加高涨，深受部队官兵和战区群众欢迎。

1939年3月，由于蒋介石积极推行消极抗日，积极反共方针，强迫赵寿山解散了战地服务团。4月，已升任三十八军军长的赵寿山，任命崔为三十八军驻渝办事处主任。他到重庆后，很快与八路军驻渝办事处接上关系，博古接见了他，并指定专人与他保持联系。同年8月底，蒋介石召赵寿山去重庆。在赵离开部队后，蒋介石派到三十八军的政治部主任于9月4日、10日连发两电给陈诚，除要重庆当局对赵“严密防范”外，还提出“该军驻渝办事处主任崔仲远，确系共党，亦请防止其活动”。得到这一情报，崔和王炳南不畏艰险，仍多次安排赵寿山与周恩来秘密会见。

1940年，第一战区司令长官卫立煌也向赵寿山提出一个三十八军中的共产党员名单(其中有崔仲远)，要赵查办。赵拖延未理，直到1941年皖南事变后，才命崔离开重庆返回军部。他到第十八集团军驻渝办事处询问能否准许他返回延安。周恩来分析了形势，认为反共高潮之后，形势还会有好转，嘱咐他仍回三十八军，并转告赵寿山要坚持下去。他服从革命工作的需要，又回到三十八军，被赵寿山任命为军法处处长。

1943年，赵寿山在重庆受训尚未结束，蒋介石就任命其嫡系将领张耀明为三十八军军长。

1944年，对赵明升暗降，让其担任第三集团军的总司令，崔随赵去甘肃武威就任新职。第三集团军是蒋介石的嫡系，赵名义上是总司令，实际上并无实权，且所属部队全在关内，武威并无驻兵，赵在武威真的成了“光杆司令”。

1946年2月，蒋介石撤销了第三集团军总部，调赵去南京；崔则被遣散到西安编余军官总队，听候安排。同年5月15日，已改称整编第三十八师的原三十八军中将副军长孔从洲率部于河南巩县起义，根据中共中央决定，组建西北民主联军第三十八军，崔被任命为军政治部主任。当时他还在西安，次年4月初，接到中共中央西北局通知，才于7月到任，接着随军南下。

1948年初，西北民主联军第三十八军与豫西军区合并，他改任豫西军区后勤部政委。9月，去华北党校学习。

1949年3月任华北革命大学政治研究院副院长。

1952年7月任华北行政委员会文教局副局长。同年被调到教育部，先后任教学指导司副司长、办公厅主任。

1963年12月，调任中共中央监察委员会驻高教部、教育部监察组组长，为新中国的教育事业呕心沥血。

1964年，在出差途中癌病突发，经抢救无效，4月30日逝世。