崔善为见隋朝政治日益紊乱，暗中劝高祖图谋夺取天下。等到起兵，任用为大将军府司户参军，封清河县公。

武德二年（619年），多次提拔后为尚书左丞，以清廉明察著称。众曹吏厌恶他，因他长得矮小又驼背，嘲讽道：“崔子曲知钩，随例得封侯。髆上全无项，胸前别有头。”想阻挠免去他所任之职。皇帝听后勉励他说：“过去齐末奸吏作歌谣诋毁斛律明月，高纬昏聩不能明察，以至杀掉他的全家。朕虽然没有德行，有幸能避免这种事。”于是下令悬赏捉拿诽谤者，诽谤终停止。