1998年1月，由其创作的同志小说《我爱史大勃》出版；5月，出版同志小说《丑角登场》；随后，由其创作的同志小说《玫瑰床榻》出版。

1999年，编剧并参演爱情喜剧电影《男男女女》；3月，在期刊《山花》上发表短篇小说《履历衷的耻辱》；4月，在期刊《花城》上发表中篇小说《伪科幻故事》；12月，在期刊《青年文学》上发表短篇小说《日本遗民》。

2001年6月，创作的小说《舅舅的人间烟火》获得德国之声文学大奖；12月20日，参加湖南卫视电视访谈节目《有话好说》；同年，执导个人首部短片《公厕正方反方》。

2002年1月，为中国第一个同性恋期刊《现代文明画报》担任主笔；同年，执导反映大陆同性恋20年历程的剧情电影《旧约》，该片讲述了小博为了给小刚治病而出卖肉身的故事。

2003年，自编自导并监制剧情电影《哎呀呀，去哺乳》，该片讲述了对于男妓现象的思考与认识；1月，出版同志小说《桃色嘴唇》；2月，由其创作的小说《舅舅的人间烟火》出版；随后，出版长篇小说《红桃A吹响号角》，该小说由“伊索城”、“蓝色”、“平行蒙太奇”、“光之河”等部分构成；4月，与杨志英、周懿联合主演的剧情电影《目的地，上海》上映；同年，执导剧情电影《脸不变色心不跳》；此外，还执导了纪录片《讲故事》。

2004年，由其执导的剧情电影《丑角登场》上映；2月，由其创作的小说《艺术家万岁》出版；同年，执导由于博主演的剧情电影《雾语》；随后，由其执导的剧情电影《石头和那个娜娜》上映；此外，还执导了剧情电影《死亡的内景》。

2005年，执导短片《短句》；同年，执导剧情电影《WC呼呼哈嘿》；随后，执导纪录片《夜景》；12月，由其创作的小说《光影记忆》出版；此外，还执导了同性爱情电影《少年花草黄》，该片由邓紫衣、王桂峰、焦乐联合主演。

2007年，由其执导的剧情电影《副歌》上映；1月，出版中短篇小说合集《胭脂的下落》；同年，执导由孟诺、邵宇华共同主演的剧情电影《独生子，向上向下向左向右向前向后》；此外，还执导了纪录片《我们是共产主义省略号》。

2008年，执导由于博、侯剑合作主演的剧情电影《星星相吸惜》；同年，担任剧情电影《二冬》的制作人，该片由杨瑾执导。

2009年，执导剧情电影《我如花似玉的儿子》，影片讲述了一个关于道德伦理的剧情故事；同年，执导同志纪录片《志同志》，该片以影像直击的方式总结与回顾30年以来中国同性恋议题的发展。

2010年，担任爱情电影《野草莓》的编剧，他凭借该片入围第2届澳门国际电影节最佳编剧奖。

2012年，由其创作的纪实小说《北斗有7星》出版。

2015年，在纪录片《以我之名：中国同性恋群体实录》中出镜。

崔子恩是同性恋。

崔子恩与其他尝试写过同性恋文本的作家的不同之处在于：其他作家主要是以同情和严肃的笔调体现出对同性恋者的一种人文关怀，而崔子恩则是以一个极端自恋的同性恋者身份，来讲述自己的生命体验（《宁波广播电视大学学报》评）。

崔子恩是一位具有独特创作个性的作家，作为一名同性恋作家，他在文本中将自恋与自传相结合，表达了边缘人的心灵呼喊。唯美主义思想是崔子恩小说创作最鲜明的特色，这在同性恋文本中主要表现为两个方面：一是回忆录式书写中的浪漫忧伤的感伤情坏，二是天马行空的想象巅峰和象征主义的运用。他的小说创作既有古典主义的优雅和简洁，也有西方前卫的写作风格，呈现出丰富多彩的面貌，他执着于用纯粹的文学语言来表现其边缘人独特的审美主张和艺术追求，而种种多姿多彩的创作文本使崔子恩成为当代同性恋文学创作的一道独特风景线（湖南师范大学毛永莉评）。