20世纪90年代，尼日利亚和喀麦隆就巴卡西半岛的归属，发生多次武装冲突。

1994年3月29日，喀麦隆向海牙国际法庭递交请求书，就巴卡西半岛主权问题争端对尼日利亚提起诉讼，并请法院确立两国间未在1975年确立的海洋疆界线。

1995年，喀麦隆将此事提交联合国安理会、海牙国际法庭和非统组织裁决。但尼日利亚主张通过双边谈判或在非统范围内解决，反对将冲突国际化。后经非统组织和多哥、几内亚等非洲国家领导人调解，双方同意和平解决争端，并愿接受国际法院的仲裁。

1998年6月，海牙国际法庭宣布对巴卡西半岛争端有管辖和仲裁权，正式审理此案。

2002年10月，国际法院做出裁决，将巴卡西半岛主权判归喀麦隆，要求尼日利亚立即和无条件撤出在巴半岛的行政、军队和警察机构。尼日利亚政府随后发表声明，驳斥海牙国际法庭裁决，同时表示将继续维护尼日利亚和喀麦隆睦邻友好关系，寻求通过政治手段和平解决巴半卡西岛问题。

2002年11月，在时任联合国秘书长安南的主持下，尼、喀总统在日内瓦举行会晤，一致同意通过和平手段解决巴卡西争端，避免冲突。双方还决定成立由联合国秘书长特别代表阿布杜拉领导的联合委员会，处理国际法院裁决的后续事宜。该委员会于12月在喀麦隆首都举行第一次会议。双方同意按两国领导人倡导的和解精神，共同努力解决边界争端。

2006年7月1日，尼日利亚从巴卡西半岛正式撤军。

2006年8月14日，尼日利亚、喀麦隆两国政府在美国纽约签署了《格林特里协定》，并规定2008年8月14日为移交巴卡西半岛的最后时限。巴卡西半岛北部地区实际上由喀麦隆控制，而尼日利亚则控制着巴卡西半岛的南部地区。

尼日利亚联邦大法官兼司法部部长迈克尔·阿翁多卡在尼日利亚参议院听证会上表示，《格林特里协定》没有经过尼立法机构司法程序的审定和批准，因此不具备法律效力。尼日利亚国会则在2007年11月22日通过决议，敦促亚拉杜瓦总统尽快将《格林特里协定》提交国会讨论，反对尼日利亚政府未经国会讨论就将巴卡西半岛归还喀麦隆。

尼日利亚军方对巴卡西半岛的移交也深表忧虑。尼国防部联席会议主席阿扎兹将军说：“巴卡西半岛移交协议的签署不符合尼国家安全利益，协议签署前也未征询过军方的意见。巴卡西半岛的移交将截断尼日利亚海上深水通道路线，留下的只剩浅水水域，不利于海军巡航。”

2008年7月31日，尼日利亚首都阿布贾一高等法院在受理巴卡西半岛尼日利亚居民的诉讼后做出判决，要求政府暂停进一步向喀麦隆移交土地和撤出本国驻岛居民的行动。

2008年8月14日，尼日利亚政府在尼南部克罗斯河州州府卡拉巴举行主权交接仪式，正式将巴卡西半岛主权交还给喀麦隆。

联合国秘书长潘基文此前表示，对联合国而言，这是一个里程碑式的事件，它是通过尊重国际法及睦邻友好合作实现和平解决具有潜在危险的边界争端的典范。