1954年5月～1955年1月，任内蒙古自治区东部区党委宣传部副部长。

1955年1月～1956年1月，任甘肃省阿拉善蒙古自治州（今内蒙古阿拉善盟）工委第二书记。

1956年4月3日，国务院决定将甘肃省巴彦浩特蒙古自治州和额济纳旗合并，组成巴彦淖尔盟，划归内蒙古自治区。

1956年11月6日～1966年7月，任内蒙古自治区巴彦淖尔盟委第一书记兼军分区政委。

1966年7月～1973年10月，任内蒙古自治区呼和浩特市市委第一书记、市长，巴彦淖尔盟盟委书记。

1973年10月～1979年11月，任内蒙古自治区伊克昭盟盟委第一书记兼军分区政委。

1979年11月～1982年11月，任内蒙古自治区人民政府副主席兼区农委副主任。

1982年11月～1983年3月，任内蒙古自治区党委常委、内蒙古自治区人民政府副主席。

1983年3月～1989年12月，任中共内蒙古自治区党委副书记（1983年，兼任内蒙古、新疆、青海、甘肃、宁夏、辽宁、吉林、黑龙江“八省区”蒙古语文工作协作小组组长）。

1988年6月～1993年5月，任内蒙古自治区第七届人大常委会主任、党组书记。

1993年5月～1998年3月，任第八届全国政协常委、民族和宗教事务委员会副主任。

2001年2月，离职休养。

2012年9月9日14时03分，政协第八届全国委员会常务委员、民族和宗教委员会副主任，内蒙古自治区第六、七届人大常委会主任巴图巴根同志，因病在呼和浩特逝世，享年89岁。

2012年9月15日上午，巴图巴根同志的遗体告别仪式在呼和浩特举行。

巴图巴根同志青少年时期就怀有远大的理想和坚定的信念。1945年，他带着为民族解放的满腔热情投身于革命，在党的培养下，在斗争中成长起来。从青年时代开始走上领导岗位，直至成为省级领导干部。他政策理论水平高，领导工作经验丰富，组织领导能力强。在近70年的革命生涯中，始终对党和人民的事业无限忠诚，鞠躬尽瘁，为自治区的各项事业作出了重要贡献。

巴图巴根同志在呼伦贝尔盟工作期间，积极开展青年团的组织建设，重视加强部队政治整训和思想教育，组织开展牧区民主改革，围绕党的中心任务开展宣传工作。在巴彦淖尔盟工作期间，坚持从实际出发，努力克服“左”的干扰，坚持以发展生产、提高人民生活水平为主，大力加强农牧业生产，积极开展水利基础建设，努力改善生态环境，加快教科文卫事业发展步伐，促进了巴盟的经济发展和社会进步。1958年，根据国家国防科研事业的需要，积极做民族上层工作，争取各方面的支持，调整优良牧场支援国防基地建设，为国家国防事业作出了贡献。在伊克昭盟工作期间，充分调动一切积极因素，努力推进全盟国民经济建设，重点加强治理沙害、推广水利、科技兴农等工作，全面推行农牧业生产责任制，大力发展工业，引进先进技术建立大型羊绒加工企业；“文革”后期和“文革”结束后，认真落实党的政策，努力拨乱反正，彻底平反冤、假、错案，迅速恢复工农牧业生产，有力促进了全盟的稳定和发展。

巴图巴根同志在盟市委书记的岗位上工作时间长达25年，1979年又走上了自治区领导岗位。在自治区党委、政府担任领导期间，善于从自治区改革发展稳定的大局出发，结合实际认真贯彻执行党的路线方针政策，坚持贯彻落实“林牧为主、多种经营”的农牧业生产方针，大力推进农村牧区改革，积极推行农村生产承包责任制和牧区草畜双承包责任制，着力加强商品粮基地建设。加强草原建设，大力提倡种树种草，巩固了我区农牧业的基础地位，推动了农牧业的健康发展。巴图巴根同志始终保持党密切联系人民群众的优良传统，经常深入基层开展调查研究，努力解决人民群众生产生活中的困难和问题。在担任自治区人大常委会主任的10年间，坚持以建设有中国特色社会主义理论和党的基本路线为指导，把保障和促进改革开放推进经济建设作为重要职责，把加强社会主义民主法制建设作为根本任务，团结带领常委会组成人员和机关干部，认真行使宪法和法律赋予的职权，在地方立法、重大事项决定、法律实施的监督和工作监督、发挥代表作用、常委会及机关自身建设等方面都取得了重要进展，为坚持和完善人民代表大会制度、加强社会主义民主法制建设，促进我区改革开放和现代化建没，维护社会政治稳定，发展民族团结进步事业，发挥了重要作用。离职休养后，巴图巴根同志依然一如既往地关心国家大事，关注自治区的建设和发展，积极为自治区党委、政府和人大工作建言献策，以实际行动实践了为共产主义事业奋斗终生的崇高理想。

巴图巴根同志具有坚定的共产主义信念，在大是大非面前始终保持清醒头脑。“文化大革命”期间，巴图巴根同志受到严重摧残、迫害，但他没有屈服，没有承认“新内人党”问题，坚持理想信念不动摇，对林彪、“四人帮”集团进行了坚决抵制，保护了一批干部群众。

巴图巴根同志是我们党优秀的少数民族干部，是民主法制建设的实践者和民族团结的模范。他善于运用马克思主义处理民族问题，坚决执行党的民族政策，在事关国家和民族利益的大是大非面前，旗帜鲜明地反对破坏民族团结、危害祖国统一的行为。他身体力行，坚持五湖四海，自觉维护党内团结和干部队伍的团结，自觉维护领导班子的团结，处处以党和人民利益为重，高举团结和建设的旗帜，为巩固和维护自治区安定团结的政治局面，建设富强、民主、文明、和谐的内蒙古作出了重要贡献。

巴图巴根同志始终重视民族文化的发展和建设。在担任“八省区”蒙古语文工作协作小组组长期间，大力加强蒙古语文的科学研究，积极推广蒙古语文在民族教育、新闻出版、文化艺术以及社会生活等领域中的广泛运用，对完善民族语文政策、发展民族语文工作发挥了重要作用。他倾注大量心血主持编撰了《蒙古学百科全书》，直至晚年身体不适的情况下，仍然关注、指导、督促编写工作，为弘扬民族文化、建设文化强区作出了不懈努力。

巴图巴根同志一贯忠于党、忠于人民，终身践行了党全心全意为人民服务的宗旨。他服从党的安排，遵守党的纪律，在革命、建设、改革的各个历史时期，始终对党和人民的事业勤勤恳恳、兢兢业业，把毕生的精力奉献给了内蒙古的建设事业。他重视理论学习，始终坚持研究和实践马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观，始终在政治上、思想上、行动上与党中央保持高度一致。他坚持实事求是，求真务实，注重调查研究，始终保持党的理论联系实际的工作作风。他坚持真理，公道正派，襟怀坦荡，清正廉洁，生活俭朴，严于律己，宽以待人，始终保持人民公仆的本色，深受各族干部群众的爱戴和敬重，在干部群众中享有崇高威望。

1956年4月3日，国务院决定将甘肃省巴彦浩特蒙古自治州和额济纳旗合并，组成巴彦淖尔盟，划归内蒙古自治区。11月6日，中共内蒙古自治区巴彦淖尔盟委员会正式成立，年仅33岁的巴图巴根被任命为巴盟盟委第一书记兼军分区政委。1957年，阿拉善出现解放后的首次大旱灾，巴图巴根深入灾区考察灾情，与基层干部和老牧民座谈，研究抗灾保畜办法。经过近一年的艰苦奋斗，终于取得了抗灾保畜工作的全面胜利。他不遗余力地抓牧区饲草料基地建设，组织风沙育草和人工飞播，坚持以牧为主多种经营，加大矿产资源开发力度，增加牧民收入。同时向上级有关部门呼吁，加大投入改善阿拉善生态环境，提出了引黄河水开发孪井滩、引黄河水入巴彦浩特、开发治理乌兰布和沙漠等问题，并一直关心和支持阿拉善的发展。