巴基斯坦海军学院学员接受普通科目培训，课程设置有英语、伊斯兰思想、数学、物理、舰艇操纵、航海、船艺、作战、海战分析、工程制图、实用科技、轮机、电子工程、计算机程序等。此外，还开设有文体课。学制两年半，其中课堂教学一年半，海上实习一年（包括舰艇操纵、海上航行）。学员在学院接受的是通科培训，毕业后转入专业培训，专业培训后才正式任职。

学院注重培养学员环境适应能力，除每年组织实习学员乘舰在恶劣气象条件下连续航行外，夏季和冬季还分别组织他们到热带和寒带进行适应性训练，以磨练学员的意志，提高克服困难的能力。

学院注重培养学员的逻辑思维和语言表达能力。学院设有逻辑思维课程，此外还经常举办校内讲演、校外联合讲演，以及采取给定题目、限时准备、即席发言等形式，提高学员逻辑思维和语言表达能力。