2009年，任浙江大学医学院名誉院长。

2019年，当选为中国医学科学院学部委员。

20世纪80年代初，巴德年在世界上首次发现抗胸腺自家抗体，从而为高血压大鼠的免疫功能低下找到了原因。在国际上首次提出免疫功能异常与高血压发生的关系；在中国国内率先开展了LAK细胞的研究，并将LAK疗法用于临床并在防止癌转移方面取得效果。

据2022年12月中国医学科学院官网显示，巴德年已在中国国内外发表论文100余篇，主编《当代免疫学技术与应用》《当代医学新理论与新技术丛书》等多部著作。

据2022年12月中国医学科学院官网显示，巴德年已获得省部级科技进步奖4项，国家级科技进步奖1项。

在央视“朝闻天下”栏目报道北京协和医学院“4+4”教育模式创新培养优秀医学人才的实践的活动中，巴德年主张：“教育是在为明天、后天培养人才，必须往远处看。要给学生更多思考空间，培养他们自我学习的能力，从而激发创造性。要让最好的学生选择学医，将来让最好的医学生成为最好的医生。所谓大医学教育，就是培养既懂公共卫生知识，又有扎实临床基础知识，在工作中懂预防、会看病、能和患者良好沟通交流的好医生。正确理解医学的本质和医学的目的，对医学教育至关重要。科学求‘真’，人文讲‘善’，艺术要‘美’。而医学是自然科学与人文科学的统一，是科学与艺术的完美结合。故此，医学主张和弘扬‘真善美’。”

2005年，巴德年在浙江大学医学院开办了“八年一贯、两段完整”的培养医学博士的标准化体系，同时推进标准化全科医师和规范化住院医师培养制度，并于2006年实施了不分专业的医学大类招生。

随着医学科学的发展，考虑到应与世界护理教育接轨，巴德年提出成立护理学院的设想。1993年11月11日，经院校长办公会议研究，同意成立中国协和医科大学护理学院。1994年初，经向卫生部报告，拟将中国协和医科大学护理系和中国医学科学院卫生学校合并改为中国协和医科大学护理学院。1995年9月11日，卫生部批复同意将中国协和医科大学“临床部、基础部、护理系”分别改为“临床学院、基础医学院、护理学院”。1996年1月24日，中国协和医科大学护理系和中国医学科学院卫生学校合并成立中国协和医科大学护理学院。2007年5月18日，中国协和医科大学护理学院启用“北京协和医学院护理学院”名称。

“巴德年是中国国微生物疗法的带头人之一。”（《都市快报》评）

“巴德年是中国免疫学领域的泰斗，学界大师，癌生物疗法的学术带头人之一。”（网易网评）

“巴德年心系国家发展，多次为中国医药卫生事业发展建言献策；在中国工程院战略咨询、学术引领等方面发挥了重要作用；他热爱祖国、胸怀人民、严谨治学、开拓创新、敬业奉献、为人师表，为促进中国高层次医学人才培养体系的形成做出了重要的贡献，是中国工程科技界的楷模和学习的榜样。”（矿山安全技术专家李晓红院士评）

2005年，浙江大学创办了以巴德年名字命名的“巴德年医学班”，实行“八年一贯、两段完成”的培养模式。学生前4年在浙大竺可桢学院学习，获得非医学类本科文凭，同时完成临床医学基础、生物化学等33个学分的医学预科课程；然后进入医学院学习。读完8年直接获得博士学位。巴德年班的学生一半是通过招生直接录取的高分考生，另一半则从医学试验班类（7年制）的新生中选拔。