蒙古兴起以前，高昌畏兀儿臣属于西辽。1209年，巴而术阿而忒的斤得知成吉思汗统一蒙古各部的消息后，遂在其相伽理普华的帮助下，杀死西辽派驻在高昌畏兀儿的少监等官，脱离西辽统治，并遣使向成吉思汗输诚。当时成吉思汗征讨蔑儿乞残部，杀其首领脱脱。脱脱之子火都、赤剌温、马札儿、秃薛干四人向成吉思汗索取其父全尸未得，遂取其首逃窜，渡也儿的石河（今额尔齐斯河），将投奔高昌畏兀儿。巴而术阿而忒的斤杀死火都等派来的使者，率军迎击。双方在襜河（额尔齐斯河一支流）一带展开激战。巴而术阿而忒的斤遣伽理普华向成吉思汗告援，不久又亲携金宝入贡。1211年，在怯绿连河畔朝见成吉思汗。成吉思汗认其作第五子，并将己女也立安敦许配给他。蒙古西征时，率所部万人从征花剌子模，直至波斯境内的你沙卜里（今伊朗东北尼沙普尔）等地。其部“纪律严明，所向克捷”。后又从成吉思汗征西夏。由于巴而术阿而忒的斤归附最早，且从征有功，所以当成吉思汗将其征服的广大领土分封给四个亲子的时候，高昌畏兀儿的领地作为第五子的封地而未受瓜分，保留了亦都护世袭统治的权力。