布哈拉埃米尔国建立在1785年，这国家由诺盖人中的曼吉特部统治，这部落在布哈拉汗国阿斯特拉罕王朝后期开始掌握实权，他们部长成为阿塔里克(可汗老师)，在1740年纳迪尔沙阿征服布哈拉后，可汗丧失实权，1747年曼吉特部长穆罕默德·拉希姆·贝伊杀死可汗阿布勒费兹和他儿子，结束阿斯特拉罕王朝，之后拥立一系列傀儡可汗。直到1785年穆拉德·沙阿时代正式建国，该家族因不是黄金家族，因此自称埃米尔。

1868年，俄罗斯帝国入侵河中，1873年埃米尔国成为俄罗斯保护国，归突厥斯坦总督区管理。

1920年，布尔什维克党入侵埃米尔国，末代埃米尔穆罕默德·阿里木汗逃往阿富汗，红军宣布成立布哈拉人民共和国。

布哈拉和撒马尔罕是当时汗国波斯文化最发达地方。