岛式月台2面4线的地上车站。外侧2线（1、4号线）由山阳本线往来新山口方向列车使用、内侧2线（2、3号线）由来往山阴本线小串方向的列车使用。站舎与月台间以跨线桥连接。

本站西侧为由货物列车使用的幡生调车场、幡生机关区。

幡生操2、3号线：下行列车幡生操4号线：上下共用、出区机关车与EF81型作机回用幡生操5、6号线：作为解结线、留置线幡生操7、8号线：上行列车幡生操的西端与东端有机待线、作机关车交换用。