天启二年（1622年）正月生于明朝辽东广宁卫的一个武将之家，是年有升第五子。出生十余日后，广宁被后金攻占。据说他本人也当过明军的指挥。后来他的家族也进入八旗，隶属镶白旗。后来他随清军入关，成为顺天府附学生。顺治十一年（1654年）中举人，顺治十二年（1655年）以三甲第十四名获赐同进士出身。

顺治十五年（1658年），年仲隆外放为江南和州知州。

顺治十七年（1660年），和州知州由杨继芳继任。年仲隆本人官终和州知州，可能死于任上。