1940年9月，新编游击大队和第2游击大队余部由海陆丰沿海地区返抵宝安县上下坪村，改编为广东人民抗日游击队第3、第5大队，林平（尹林平）兼任两个大队的政治委员，梁鸿钧负责军事指挥。

1941年2月，第3、第5大队派出小分队进入增城县西部，与当地中共组织领导的抗日游击队基干队会合。

4月，成立增（城）从（化）番（禺）独立大队，游击区扩展到增城和广州市东北郊一带。

9月，广东人民抗日游击队发展到1500余人，在广九铁路（广州―香港九龙）西侧建立了大岭山和阳台山抗日根据地。

12月，日军侵占香港。第3、第5大队各派出一支武工队进入港九地区，成立港九大队，开展城市游击战。

1942年1月，根据中共南方工委的决定，在阳台山根据地白石龙村成立广东军政委员会，并将广东人民抗日游击队改称广东人民抗日游击总队，梁鸿钧任总队长，林平任政治委员。以第5大队为基础成立主力大队，其余分别编入第3大队、惠阳大队、宝安大队、港九大队。

1～3月，广东人民抗日游击总队根据中共中央南方局的指示，先后从香港营救出何香凝、柳亚子、茅盾、邹韬奋、胡绳、夏衍、戈宝权等著名爱国民主人士、文化界知名人士、国民党官员和眷属，以及美国、英国、荷兰、比利时、印度等国际友人共800余人。

1943年，游击总队经过整风学习和军事训练，向日伪军展开广泛出击，对进犯根据地的国民党顽军进行反击，至7月，恢复和发展了惠东宝抗日根据地。其间，大亚湾独立中队扩编为护航大队，以挺进罗浮山地区的宝安大队一部整编成立独立第2大队。

11月中旬～12月，游击总队以灵活机动的战术，挫败日伪军对大岭山根据地发动的“万人扫荡”，并击退日伪军对阳台山根据地的多次进攻。

12月2日，广东人民抗日游击总队在坪山扩编成立广东人民抗日游击队东江纵队，曾生任司令员，林平任政治委员，王作尧任副司令员兼参谋长，杨康华任政治部主任。下辖第2、第3、第5大队、惠阳大队、宝安大队、港九大队、护航大队，共3000余人。

东江纵队成立后，积极开展杀敌立功竞赛和拥政爱民及扩军运动，并向日伪军连续出击。

至1944年6月，进行战斗148次，歼灭日伪军1000余人，迫使伪军1个营和伪自卫军1个暂编团团部投诚，纵队总人数发展到近5000人。

7月，东江纵队军政干部学校在大鹏镇成立。

9月，东江纵队从惠阳大队、护航大队、港九大队抽调人员组成独立第3大队，进入罗浮山地区，为建立根据地作准备；以第2、第3大队各一部组成北上抗日先遣队，挺进粤北，一度解放清远县城。

9月～1945年2月，东江纵队将所属部队扩编为第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7支队和北江支队、西北支队，连同大亚湾人民抗日自卫总队、港九大队、护航大队等，共9200余人。

1945年2月底，北江支队、西北支队在粤汉铁路（广州―武昌）两侧开辟清远、英德、佛冈、新丰、翁源抗日游击区。

3月，第3支队进入博罗，会同第4、第5支队创建以罗浮山为中心的抗日根据地。

5月，纵队领导机关由东江南岸转移至江北罗浮山，游击区域逐渐向粤北和粤东发展。

8月初，根据中共中央关于向粤北发展、开辟五岭根据地的指示，东江纵队组成粤北指挥部，率第3、第5支队和北江支队、西北支队等向粤赣湘边挺进，准备与王震率领的八路军南下支队会合，后因遭国民党军围攻，会合未成。其间，珠江纵队第1支队、独立第3大队和第2支队一部共1000余人编入东江纵队。日本投降后，东江纵队向拒绝投降的日伪军展开反攻。

至9月底，收复城镇60余座，歼灭日伪军1000余人。纵队总人数发展到1.1万余人。

10月，为加强分区指挥，又成立江南、江北、东进指挥部。

1946年6月，根据国共两党达成的协议，东江纵队（含珠江、韩江纵队，广东、广东南路人民抗日解放军部分骨干）2500余人北撤山东省烟台解放区，其余人员大部就地复员，留400余名武装骨干分散坚持斗争。

1940年3月8日，惠宝人民抗日游击总队及东宝惠边人民抗日游击大队遭到国民党顽固派军队的围攻，被迫从坪山根据地向海陆丰转移，途中遭到国民党的围追堵截，部队多被打散，损失严重，最后仅剩100余人。

8月，广东人民抗日游击队第3、第5大队分别进入东莞大岭山区和宝安阳台山区开辟抗日根据地。

11月，第3大队首先在黄潭击退进犯的日军，毙伤日军数十名。尔后，两个大队不断袭击日伪军，打退国民党顽固派军队的进攻。

1941年6月10日夜，400余名日军和200余名伪军，在大队长长濑率领下，兵分两路，准备在11日拂晓合围偷袭大岭山百花洞村。日伪军的偷袭行动，早已被游击队情报站所侦得，并于当晚将情报送到大队长曾生手上。曾生立刻率领游击队抢占百花洞西南的小山头制高点，准备迎敌。同时，负责军事指挥的总队长梁鸿钧和政委尹林平率队支援曾生，并命令游击队战士占领百花洞东大公岭，抢占有利地形，埋伏起来。经过两天两夜的战斗，日军大队长长濑被击毙，日伪军官兵五六十人被击毙击伤；游击队缴获长短枪10余支、弹药辎重一大批，还缴获了几匹战马，百花洞战斗取得胜利。

12月，日军发动太平洋战争，同时占领香港。游击队即派出武工队进入香港、九龙地区，开展城市游击战。游击队还先后建立了海上中队和护航大队，开展海上游击战，袭扰日军海上运输线，保护渔民和商船往来。香港沦陷时，有一大批中国文化界知名人士和爱国民主人士，以及国际友人滞留港岛，处境十分危险。抗日游击队根据中共中央的指示，克服重重困难，先后从香港营救出何香凝、柳亚子、茅盾、邹韬奋等800多人，以及一些国民党官员和眷属、遇险的美国航空队飞行员以及港英官兵和荷兰、比利时、印度等国的人士近百人，大营救在海内外产生了巨大影响。

1943年1—10月，游击总队向日伪军主动出击，拔除了广九铁路及宝太公路、莞城—太平公路沿线的一批据点；争取了伪军1个营反正，2个连投诚；海上独立中队以少胜多，在大亚湾全歼伪海军1个大队。

11月，日军发起了打通广九铁路的进攻作战。中旬，日伪军出动七八千人，号称“万人扫荡”，在空军配合下，对大岭山抗日根据地实行“铁壁合围”；下旬又对羊台山抗日根据地实行“多路围攻”。游击总队在杀伤一部日伪军后，巧妙地跳出包围圈，转向外线袭击敌人，经过一个多月的顽强战斗，粉碎了日伪军的大规模“扫荡”，收复大片失地，使广九铁路两侧的解放区连成一片，卡住日军南线交通运输的咽喉，破坏日军的战略部署，策应了美、英盟军在太平洋对日军的反攻作战。此时，游击总队发展到3000余人。

12月，广东人民抗日游击队东江纵队成立后，大力加强部队建设，广泛开展杀敌竞赛和扩军竞赛，不断向日伪军发动进攻。

1944年上半年，仅广九铁路以西的部队就歼灭伪军20多个连，迫使伪军1个营和1个暂编团团部100余人投诚；港九独立大队积极开展城市游击战，炸毁了香港启德机场的油库和九龙第4号铁路桥；护航大队在大鹏湾海面俘获日军武装运输船3艘。

6月间，日军出动配合进攻湘桂线。为钳制日伪军，东江纵队沿广九铁路、宝太公路等交通线广泛出击，先后全歼广九铁路常平、平湖等站的伪军、伪警大队。同时，东江纵队还组成北上抗日先遣队，向粤北挺进，一度解放清远县城。

1945年春，东江纵队派出两个支队挺进东江北岸，开辟以罗浮山为中心的江北抗日根据地。

5月，纵队领导机关由东江南岸转移到博罗县罗浮山。

8月初，根据中共中央关于向粤北发展的指示，在珠江纵队一部配合下，集中主力1000余人挺进粤赣湘边区，准备迎接八路军南下支队，开辟五岭抗日根据地。此时，部队发展到9200余人，辖9个支队，并先后成立了江南、江北、粤北和东进4个指挥部，活动地域由东江两岸扩展到广州市郊区、粤赣湘边区和海陆丰地区。

8月15日，日本宣布投降。华南日伪军在国民党当局的指使下，拒绝向广东人民抗日游击队缴械，东江纵队遵照朱德总司令的命令，立即向日伪军展开进攻。

至9月底，收复城镇60余处，歼灭日伪军1000余名。

1946年6月，根据国共两党谈判达成的协议，东江纵队主力以及包括珠江纵队、韩江纵队及南路人民抗日解放军等部分骨干北撤山东省解放区，解放战争时期改编为中国人民解放军两广纵队。留在广东的人员，一部分后来成为中国人民解放军粤赣湘边纵队的骨干。

东江纵队在抗日战争中进行大小战斗1400余次，歼灭日伪军9000余人，建立了总面积约1.5万平方千米、人口约450万的抗日根据地和游击区，有2500余名指战员牺牲。