2002年起，对外不再使用“中华医学会广东分会”，改称“广东省医学会”，同时成立广东省医学学术交流中心接收原中华医学会广东分会的工作职能，负责广东省医学会的日常工作，其级别仍为正处级事业单位，并作为广东省医学会办事机构独立开展工作。2002年，省编办将中心核定为自收自支事业单位，2006年12月，根据中心的职能，省编办重新将中心定为财政核拨事业单位。

中心工作职能主要是受政府委托，承担广东省医学会的日常工作，负责全省的医学学术管理、医学科技普及提高、医学科技队伍的成长与教育，包括医学学术交流、医疗事故技术鉴定、医疗卫生行业的规范管理等。

作为中心前身的中华医学会广东分会有着悠久的历史， 成立近九十年来，尤其是解放以来，一直致力于提高本省学术水平， 为促进我省医学科技的繁荣和发展做了大量的工作，已成为医学界公认的具有广泛影响力的医学科技学术团体。学会下属73个专科分会，几乎囊括了我省医学学术界的所有精英，使学会在我省医疗卫生界具有无可取代的学术权威。