中心下设综合、信息资源和开发三个部门，拥有一批既精通环境管理业务又掌握最新IT技术、经验丰富的精英团队，专业领域涉及环境管理、计算机软件、GIS、数据库、自动化控制、计算机网络、环境资源等，中心拥有系统分析员、高级工程师、高级程序员、网络工程师一批。

近年来，中心承接了十多项行业内外的重大信息系统研发项目，拥有多项自主产权的环保信息领域技术产品。